Metadata
| Property | Mandatory IGS | Mandatory in DEMIS | Description | Beschreibung | Cardinality | Datatype | Vocabularies/RegEx | Example |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MELDETATBESTAND | TRUE | TRUE | 4-letter code describing the Pathogen | 4-Buchstaben-Code zur Beschreibung des Erregers. | 1:1 | VOCABULARY | MELDETATBESTAND | CVDP |
| STATUS | TRUE | TRUE | Status of results | Status der Testergebnisse | VOCABULARY | |||
| SPECIES_CODE | FALSE | TRUE | A detailed description of the species on the species level using Simplifier code as reference. | Ausführliche Beschreibung der Spezies unter Verwendung des Simplifiers Codes als Referenz. | 1:1 | VOCABULARY | https://simplifier.net/rki.demis.laboratory/answerSet<pathogencode> E.g.: https://simplifier.net/rki.demis.laboratory/answerSetCVDP SNOMED Code für Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (organism) | 840533007 |
| SPECIES | FALSE | FALSE | A detailed description of the species on the species level using theSimplifier display name as reference. | Ausführliche Beschreibung der Spezies unter Verwendung des Simplifiers Displaynamens als Referenz. | 1:1 | VOCABULARY | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (organism) | |
| LAB_SEQUENCE_ID | TRUE | TRUE | The ID of the sample that is used by the submitting lab. | Die ID der Probe, die vom einreichenden Labor verwendet wird. | 1:1 | VARCHAR | ^[A-Za-z0-9-_]+$ | 2bf17a251b58a10e019f9a368b06ed20467414e4fafe69c09030918bf2b485b1 |
| DEMIS_NOTIFICATION_ID | FALSE | provisionally FALSE | Notification ID that is provided by DEMIS | Benachrichtigungs-ID, die von DEMIS bereitgestellt wird. | 1:1 | VARCHAR | string | 70fd3f6e-47f3-4f9c-bd2d-cf19e09f01ed |
| DATE_OF_SAMPLING | FALSE | FALSE | The date the sample was taken. | Das Datum, an dem die Probe entnommen wurde. | 1:1 | DATE | date (YYYY-MM-DD) | 2024-12-31 |
| DATE_OF_RECEIVING | FALSE | TRUE | Date the sample arrived in the lab | Datum an dem die Probe im Labor eingegangen ist. | 1:1 | DATE | date (YYYY-MM-DD) | 2024-12-31 |
| DATE_OF_SEQUENCING | TRUE | TRUE | The date the sample was sequenced. | Das Datum, an dem die Probe sequenziert wurde. | 1:1 | DATE | date (YYYY-MM-DD) | 2024-12-31 |
| DATE_OF_SUBMISSION | TRUE | omitted (set by backend) | The date of the transfer to the RKI. | Das Datum der Übergabe an das RKI. | 1:1 | DATE | date (YYYY-MM-DD) | 2024-12-31 |
| SEQUENCING_INSTRUMENT | TRUE | TRUE | The sequencing instrument that was used for sequencing the sample. This property is based on the ENA documentation. | Das Sequenziergerät, das für die Sequenzierung der Probe verwendet wurde. Diese Eigenschaft basiert auf der ENA-Dokumentation. | 1:1 | VOCABULARY | SEQUENCING_INSTRUMENT | Illumina_MiSeq |
| SEQUENCING_PLATFORM | TRUE | TRUE | The sequencing platform that was used for sequencing the sample. This property is based on the ENA documentation. | Die Sequenzierplattform, die für die Sequenzierung der Probe verwendet wurde. Diese Eigenschaft basiert auf der ENA-Dokumentation. | 1:1 | VOCABULARY | SEQUENCING_PLATFORM | ILLUMINA |
| ADAPTER | FALSE | FALSE | The sequencing adapters that were used for sequencing. | Die Sequenzieradapter, die für die Sequenzierung verwendet wurden. | 1:1 | VARCHAR | ^[\\+a-zA-Z0-9_ ,-]+$ | Adapter1 |
| PRIMER_SCHEME | FALSE | FALSE | Name of the used primer scheme if amplicon sequencing is used. | Der Name des Primer Schema für die Amplikon Sequenzierung. | 1:1 | VARCHAR | ^[a-zA-Z0-9_ ,-\\.]+$ | Scheme1 |
| SEQUENCING_STRATEGY | TRUE | TRUE | The sequencing strategy that was used to sequence the sample. This property is based on the ENA documentation. | Die Sequenzierstrategie, die für die Sequenzierung der Probe verwendet wurde. Diese Eigenschaft basiert auf der ENA-Dokumentation. | 1:1 | VOCABULARY | SEQUENCING_STRATEGY | WGS |
| ISOLATION_SOURCE_CODE | FALSE | TRUE | Describes the local source of the organism from which the sequence was obtained, e.g. nasal, blood, stool using the simplifier material codes | Beschreibt die lokalen Ursprung des Organismus, von dem die Sequenz gewonnen wurde, z. B. nasal, Blut, Stuhl. unter Verwendung der simplifier material codes | 1 | 309164002 | ||
| ISOLATION_SOURCE | FALSE | FALSE | Describes the local source of the organism from which the sequence was obtained, e.g. nasal, blood, stool using the simplifier material display names | Beschreibt die lokalen Ursprung des Organismus, von dem die Sequenz gewonnen wurde, z. B. nasal, Blut, Stuhl unter Verwendung der simplifier material display names | 1:1 | VOCABULARY | https://simplifier.net/rki.demis.laboratory/material<pathogencode> E.g.: https://simplifier.net/rki.demis.laboratory/materialCVDP Code für Upper respiratory swab specimen (specimen) | Upper respiratory swab specimen (specimen) |
| HOST_SEX | FALSE | FALSE | Sex of the patient | Geschlecht | 1:1 | VOCABULARY | HOST_SEX | female |
| HOST_BIRTH_MONTH | FALSE | FALSE | The birth month of the patient | Geburtsmonat | 1:1 | INTEGER | ^(0?[1-9]|1[012])$ | 11 |
| HOST_BIRTH_YEAR | FALSE | FALSE | The birth year of the patient | Geburtsjahr | INTEGER | ^\\d{4}$ | 1990 | |
| SEQUENCING_REASON | TRUE | TRUE | Reason for the sequencing of this sample (e.g. random sample). | Grund für die Sequenzierung dieser Probe (z. B. Zufallsprobe). | 1:1 | VOCABULARY | SEQUENCING_REASON | requested |
| GEOGRAPHIC_LOCATION | FALSE | FALSE | 3-digit zip code of the location of the patient. Leading zeros are conserved. | 3-stellige Postleitzahl des Ortes, an dem der Patient wohnt. Führende Nullen werden beibehalten. | 1:1 | VARCHAR | ^[0-9]{3}$ | 426 |
| ISOLATE | FALSE | FALSE | Identification or description of the specific individual micro-organism from which this sequence was obtained to distinguish biological replicates. | Identifizierung oder Beschreibung des spezifischen individuellen Mikroorganismus, von dem diese Sequenz gewonnen wurde, um biologische Replikate zu unterscheiden. | 1:1 | VARCHAR | string | Isolate 1 |
| AUTHOR | FALSE | FALSE | Author of the sequence and contact for questions. This could be a person or a lab. | Autor der Sequenz und Kontaktperson für Fragen. Dies kann eine Person oder ein Labor sein. | 1:1 | VARCHAR | string | Author A. |
| NAME_AMP_PROTOCOL | FALSE | FALSE | Name of the protocol that was used to sequence the sample. | Name des Protokolls, das für die Sequenzierung der Probe verwendet wurde. | 1:1 | VARCHAR | ^[a-zA-Z0-9_ ,-]+$ | Protocol1 |
| PRIME_DIAGNOSTIC_LAB.DEMIS_LAB_ID | FALSE | FALSE | DEMIS lab ID of the prime diagnostic lab where the biological sample was taken. | DEMIS-Labor-ID des diagnostischen Hauptlabors, in dem die biologische Probe entnommen wurde. | 1:1 | VARCHAR | ^DEMIS-[0-9]{5}$ | 10001 |
| PRIME_DIAGNOSTIC_LAB.NAME | FALSE | TRUE | Name of the prime diagnostic lab | Name des Hauptdiagnoselabors. | 1:1 | VARCHAR | ^[a-zA-Z0-9_ ,-äöüÄÖÜß]+$ | Lab1 |
| PRIME_DIAGNOSTIC_LAB.ADDRESS | FALSE | TRUE | Street of the prime diagnostic lab. | Straße des Hauptdiagnoselabors. | 1:1 | VARCHAR | string | Nordufer 20 |
| PRIME_DIAGNOSTIC_LAB.POSTAL_CODE | FALSE | TRUE | Zip code of the prime diagnostic lab. | Postleitzahl des Hauptdiagnoselabors. | 1:1 | VARCHAR | ^[0-9]{5}$ | 13353 |
| PRIME_DIAGNOSTIC_LAB.CITY | FALSE | TRUE | City code of the prime diagnostic lab. | Stadt des Hauptdiagnoselabors. | 1:1 | VARCHAR | string | Berlin |
| PRIME_DIAGNOSTIC_LAB.FEDERAL_STATE | FALSE | FALSE | Federal State of the prime diagnostic lab. | Land des Hauptdiagnoselabors. | 1:1 | VOCABULARY | ISO Code https://simplifier.net/packages/de.basisprofil.r4/1.4.0/files/656722 | DE-BE |
| PRIME_DIAGNOSTIC_LAB.COUNTRY | FALSE | TRUE | Country of the prime diagnostic lab. | Land des Hauptdiagnoselabors. | 1:1 | VOCABULARY | ISO-Code https://simplifier.net/packages/hl7.fhir.r4.core/4.0.1/files/79837 | DE |
| PRIME_DIAGNOSTIC_LAB.EMAIL | FALSE | TRUE | E-mail of the prime diagnostic lab. | E-mail des Hauptdiagnoselabors. | 1:1 | VARCHAR | string | my@email.com |
| SEQUENCING_LAB.DEMIS_LAB_ID | TRUE | TRUE | DEMIS lab ID of sequencing lab where the biological sample was sequenced. | DEMIS-Labor-ID des Sequenzierlabors, in dem die biologische Probe sequenziert wurde. | 1:1 | VARCHAR | ^[0-9]{5}$ | 12345 |
| SEQUENCING_LAB.NAME | FALSE | TRUE | Name of the sequencing lab. | Name des Sequenzierlabors. | 1:1 | VARCHAR | [A-z0-9_- ,]+ | Lab2 |
| SEQUENCING_LAB.ADDRESS | FALSE | FALSE | Street, house number, and city of the sequencing lab. | Straße, Hausnummer und Ort des Sequenzierlabors. | 1:1 | VARCHAR | ^[a-zA-Z0-9_ ,-äöüÄÖÜß]+$ | Nordufer 20 |
| SEQUENCING_LAB.POSTAL_CODE | FALSE | TRUE | Zip code of the sequencing lab. | Postleitzahl des Sequenzierlabors. | 1:1 | VARCHAR | ^[0-9]{5}$ | 13353 |
| SEQUENCING_LAB.CITY | FALSE | TRUE | City of the sequencing lab. | Stadt des Sequenzierlabors. | 1:1 | VARCHAR | string | Berlin |
| SEQUENCING_LAB.FEDERAL_STATE | FALSE | FALSE | Federal State of the sequencing lab. | Land des Sequenzierlabors. | 1:1 | VOCABULARY | ISO Code https://simplifier.net/packages/de.basisprofil.r4/1.4.0/files/656722 | DE-BE |
| SEQUENCING_LAB.COUNTRY | FALSE | TRUE | Country of the sequencing lab. | Land des Sequenzierlabors. | 1:1 | VOCABULARY | ISO-Code https://simplifier.net/packages/hl7.fhir.r4.core/4.0.1/files/79837 | DE |
| SEQUENCING_LAB.EMAIL | FALSE | TRUE | E-mail of the sequencing lab. | E-mail des Sequenzierlabors. | 1:1 | VARCHAR | string | my@email.com |
| REPOSITORY_NAME | TRUE | FALSE | Was the sequence uploaded to a repository (e.g. GISAID, ENA) already. | Wurde die Sequenz bereits in ein Repository (z. B. GISAID, ENA) hochgeladen. | 0:n | VOCABULARY | REPOSITORY_NAME | ENA |
| REPOSITORY_LINK | TRUE | FALSE | Hyperlink to the sample in the repository. | Hyperlink zur Probe im Repositorium. | 0:n | HYPERLINK | string | https://www.ena.de/DESH-377b53a7-ce88-4346-8b24-5d10e66e9774 |
| REPOSITORY_ID | TRUE | FALSE | The ID of the sample in the repository. | Die ID der Probe im Repositorium. | 0:n | VARCHAR | string | DESH-377b53a7-ce88-4346-8b24-5d10e66e9774 |
| UPLOAD_DATE | FALSE | FALSE | The date the sample was uploaded to the repository | Das Datum, an dem die Probe in das Repository hochgeladen wurde | 0:n | DATE | date (YYYY-MM-DD) | 2024-12-31 |
| UPLOAD_STATUS | FALSE | FALSE | The status of the upload. Is the sample already uploaded, or is the upload in preparation? | Der Status des Uploads. Wurde die Probe bereits hochgeladen oder ist der Upload in Vorbereitung? | 0:n | VOCABULARY | UPLOAD_STATUS | Accepted |
| UPLOAD_SUBMITTER | FALSE | FALSE | Name of the responsible lab or person for the upload. | Name des Labors oder der Person, die für den Upload verantwortlich ist. | 0:n | VARCHAR | string | Tobias T. |
| FILE_1_NAME | TRUE | TRUE | The filename that is connected to this sample is provided. | Der Dateiname einer Datei, die mit dieser Probe verbunden ist. | 1:n | VARCHAR | ^[a-zA-Z0-9_-]+\\.(fasta|fa|fastq|fq)(\\.gz)?$ | sample1_1.fastq.gz |
| FILE_2_NAME | TRUE | FALSE | The filename that is connected to this sample is provided. | Der Dateiname einer Datei, die mit dieser Probe verbunden ist. | 1:n | VARCHAR | ^[a-zA-Z0-9_-]+\\.(fasta|fa|fastq|fq)(\\.gz)?$ | sample1_2.fastq.gz |
| FILE_1_SHA256SUM | TRUE | TRUE | The SHA256SUM of the file provided. | Die SHA256SUM der bereitgestellten Datei. | 1:n | VARCHAR | ^[A-Fa-f0-9]{64}$ | c16516c6d9b1dd9c0f1e8ce8baf43d42031a32fcf75f1d69f16eb4b24df6fecd |
| FILE_2_SHA256SUM | TRUE | FALSE | The SHA256SUM of the file provided. | Die SHA256SUM der bereitgestellten Datei. | 1:n | VARCHAR | ^[A-Fa-f0-9]{64}$ | d42031a32fcf75f1d69f16eb4b24df6fecdc16516c6d9b1dd9c0f1e8ce8baf43 |