Logisches Modell (inkl. Abbildung auf FHIR Ressourcen) - Informationsmodell für Sequenzmeldungen
| VAR_NAME/Display in CSV | Mandatory csv/Upload | CSV Abbildung möglich | Description | Beschreibung | Kardinalität DEMIS | VAR_CODE | Vocabularies/ RegEx | Example | FHIR-Datentyp | Description | Abbildung im Informationsmodell R4 (R5 in hellgrau)
| Hinweise im Leitfaden Short description | Hinweise im Leitfaden Definition | Beispiel FHIR kodierung | Codierung/Freitext + Sanity Check Angaben |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
STATUS | TRUE |
| Status of results used for versioning of repetitive upoads | Status der Testergebnisse Versionierung mehrerer Uploads der gleichen Sequenz | 1:1 | VARCHAR | final | code | Versionierung erfolgt über composition status und Timestamp der Übermittlung | Composition.status | Status der Testergebnisse | - | <status value="final"/> | HL7-Kodierung https://simplifier.net/packages/hl7.fhir.r4.core/4.0.1/files/80407 | |
DATE_OF_SUBMISSION | N/A Wird nicht über die csv-Datei mitgegeben | Wird nicht über die csv-Datei mitgegeben | The date of the transfer to the RKI. | Das Datum der Übergabe an das RKI. | 1:1 | DATE | dateTime | Datum der Übermittlung | Composition.extension:receptionTimeStamp
| Übermittlungsdatum | Das Datum der Übergabe an das RKI. Dieses wird vom System gesetzt | ||||
| DEMIS_NOTIFICATION_ID | provisionally FALSE |  | Notification ID that is provided by prime diagnostic lab. Originally provided by DEMIS with the first notification to the health authority | Benachrichtigungs-ID, die vo Primärlabor bereitgestellt wird. Ursprünglich von DEMIS erstellt bei der Erstmeldung | 1:1 provisionally FALSE | VARCHAR | string | 70fd3f6e-47f3-4f9c-bd2d-cf19e09f01ed | string | NotificationID M1 = Meldungs-ID M1 | Composition.relatesTo.targetReference.identifier.value Hinweis: es müssen entsprechend noch andere Elemente unter Composition.relatesTo gesetzt werden (vgl. IG und Beispiele) | MeldungsID-M1 | Die vom einsendenden Labor generierete, eindeutige UUID, die im Meldevorgang 1 (erste Meldung an das Gesundheitsamt) als MeldungID (NotificationID) verwendet wurde. | <relatesTo> <code value="appends"></code> <targetReference> <type value="Composition"/> <identifier> <system value="https://demis.rki.de/fhir/NamingSystem/NotificationId"/> <value value="f8585efb-1872-4a4f-b88d-8c889e93487b"/> </identifier> </targetReference> </relatesTo> | Der Wert muss eine UUID sein: ^[0-9a-fA-F]{8}\b-[0-9a-fA-F]{4}\b-[0-9a-fA-F]{4}\b-[0-9a-fA-F]{4}\b-[0-9a-fA-F]{12}$ |
GEOGRAPHIC_LOCATION | FALSE |
| 3-digit zip code of the location of the patient. Leading zeros are conserved. | 3-stellige Postleitzahl des Ortes, an dem der Patient wohnt. Führende Nullen werden beibehalten. | 0:1 | VARCHAR or VOCABULARY | ^[0-9]{3}$ | 426 | string | PLZ der Probe/Isolat | Patient.address.postalCode ABGEBILDET ÜBER BETROFFENE PERSON (NICHTNAMENTLICH) | <postalCode value="130"> | '[0-9]{3}' | ||
| HOST_SEX | FALSE |
| Sex of the patient | Geschlecht | 0:1 | VOCABULARY | HOST_SEX | female | code | Patient.gender ABGEBILDET ÜBER BETROFFENE PERSON (NICHTNAMENTLICH) | <gender value="male"/> | https://simplifier.net/packages/hl7.fhir.r4.core/4.0.1/files/81193 | |||
HOST_BIRTH_MONTH | FALSE |
| The birth month of the patient | Geburtsmonat | 0:1 | ^(0?[1-9]|1[012])$ | 11 | date | Patient.birthDate ABGEBILDET ÜBER BETROFFENE PERSON (NICHTNAMENTLICH)
| <birthDate value="1978-12"/> | |||||
HOST_BIRTH_YEAR | FALSE |
| The birth year of the patient | Geburtsjahr | 0:1 | DATE | ^\\d{4}$ | 1990 | date | Patient.birthDate ABGEBILDET ÜBER BETROFFENE PERSON (NICHTNAMENTLICH) | <birthDate value="1978-12"/> | ^[0-9]{4}-[0-9]{2}|[0-9]{4}$ | |||
| MELDETATBESTAND | TRUE | | 4-letter code describing the Pathogen | 4-Buchstaben-Code zur Beschreibung des Erregers. | 1:1 | VARCHAR | MELDETATBESTAND | CVDP | string | 4 Buchstabencode für den Meldetatbestand. Wird benutzt zur Sortierung nach Erreger oder Erregerspezifische QM etc. | DiagnosticReport.code.coding.code Hinweis: es müssen entsprechend noch andere Elemente unter DiagnosticReport.code gesetzt werden (vgl. IG und Beispiele) | Übermittlungstatbestand | Die Angabe des Übermittlungstatbestandes bezeichnet die Erregergruppe. Der Übermittlungstatbestand leitet sich aus den Profilen des Meldetatbestandes aus den erregerspezifischen Laborbericht-Profilen für die Meldungen nach §7. | <code> invp (Influenzavirus; Meldepflicht nur für den direkten Nachweis) mytp (Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium africanum, Mycobacterium bovis; Meldepflicht für den direkten Erregernachweis sowie nachfolgend für das Ergebnis der Resistenzbestimmung; vorab auch für den Nachweis säurefester Stäbchen im Sputum) | ValueSet RKI für Meldetatbestand (Der jeweils zutreffende Meldetatbestand ist in abgeleiteten erregerspezifischen Laborbericht-Profilen vorgegeben.) |
| SPECIES_CODE | TRUE | | A detailed description of the species on the species level using Simplifier code as reference. | Ausführliche Beschreibung der Spezies unter Verwendung des Simplifiers Codes als Referenz. | 1:1 | VOCABULARY | https://simplifier.net/rki.demis.laboratory/answerSet<pathogencode> E.g.: https://simplifier.net/rki.demis.laboratory/answerSetCVDP SNOMED Code für Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (organism) | 840533007 | CODE | detailliere Spezies Angabe, | Observation.value.CodableConcept.coding.code Aus AnswerSet-ValueSet für den spezifischen Erreger zu wählen. Hinweis: es müssen entsprechend noch andere Elemente unter Observation gesetzt werden (vgl. IG und Beispiele) z.B.: Observation.code: Über den Upload im Meldeportal fix gesetzt (41852-5); Upload über die Schnittstelle aus den erregerspezifischen LaboratoryTest-Valuesets Observation.method | Speziesangabe | Ausführliche Beschreibung der Spezies unter Verwendung der erregerspezifischen AnswerSet-Profile der §7 Meldungen | <code> 442352004 (Influenza A virus subtype H1N1 (organism)) 113861009 (Mycobacterium tuberculosis (organism)) | Codiert (SNOMED) Answer Set https://simplifier.net/rki.demis.laboratory/answerSet<pathogencode> E.g.: https://simplifier.net/rki.demis.laboratory/answerSetCVDP SNOMED Code für Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (organism)
|
| SPECIES | FALSE | | A detailed description of the species on the species level using theSimplifier display name as reference. | Ausführliche Beschreibung der Spezies unter Verwendung des Simplifiers Displaynamens als Referenz. | 0:1 | VOCABULARY | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (organism) | {diverse} | detailliere Spezies Angabe, | Observation.value.CodableConcept.coding.display | Speziesangabe |
| <code> | ||
SEQUENCING_PLATFORM | TRUE |
| The sequencing platform that was used for sequencing the sample. This property is based on the ENA documentation. | Die Sequenzierplattform, die für die Sequenzierung der Probe verwendet wurde. Diese Eigenschaft basiert auf der ENA-Dokumentation. | 1:1 | VOCABULARY | SEQUENCING_PLATFORM | ILLUMINA | code | The sequence platform this sample was obtained from, Instrument, wenn möglich verknüpft mit Plattform, oder unspecided - Plattform | Device.type.coding.code Hinweis: es müssen entsprechend noch andere Elemente unter Device.type gesetzt werden (vgl. IG und Beispiele) | Sequenzierungsplattform | Die Sequenzierungsplattform, die für die Sequenzierung der Probe verwendet wurde. Die jeweils zutreffende Plattform ist in von der ENA Dokumentation abgeleiteten Profilen vorgegeben. | <type> | Value Set aus ENA (https://ena-docs.readthedocs.io/en/latest/submit/reads/webin-cli.html#permitted-values-for-platform) |
SEQUENCING_INSTRUMENT | TRUE |
| The sequencing instrument that was used for sequencing the sample. This property is based on the ENA documentation. | Das Sequenziergerät, das für die Sequenzierung der Probe verwendet wurde. Diese Eigenschaft basiert auf der ENA-Dokumentation. | 1:1 | VOCABULARY | SEQUENCING_INSTRUMENT | Illumina_MiSeq | string | Device.deviceName.name Binding an: https://demis.rki.de/fhir/ValueSet/sequencingDevice [required] Hinweis: es müssen entsprechend noch andere Elemente unter Device.deviceName gesetzt werden (vgl. IG und Beispiele) | Sequenzierungsgerät | Das Sequenzierungsgerät, das für die Sequenzierung der Probe verwendet wurde. Das jeweils zutreffende Instrument ist in von der ENA Dokumentation abgeleiteten Profilen vorgegeben. | <deviceName> NextSeq_500 | Value Set aus ENA (https://ena-docs.readthedocs.io/en/latest/submit/reads/webin-cli.html#permitted-values-for-platform) | |
| LAB_SEQUENCE_ID | TRUE | | The ID generated during sample sequencing. Used for communication in case of internal queries. | Die ID die bei der Sequenzierung der Probe generiert wurde. Dient zur Kommunikation bei internen Nachfragen | 1:1 | VARCHAR | ^[A-Za-z0-9-_]+$ | 240112345_lib12345 | string | own Lab ID (FASTA ID e.g. SARS-CoV-2) | MolecularSequence.identifier.value | Laboreigene ID der Probe | Die eineindeutige ID der Probe, die vom einreichenden Labor verwendet wird. | <identifier> 21008673_lib45604_nextseq_ny0014 | Freitext '[A-z,0-9,-,_]* |
LIBRARY_SOURCE | N/A Nicht teil des csv,-Uploads | Nicht teil der csv, wird durch backend belegt | 1:1 | VARCHAR or VOCABULARY | code | MolecularSequence.type FIXER WERT ("dna") aus VS sequenceType | muss nicht ins CSV wird automatisch als "dna" gesetzt
| <type value="dna"></type> | |||||||
AUTHOR | N/A Wir derzeit nicht gesetzt aus Datenschutzgründen | Wir derzeit nicht gesetzt aus Datenschutzgründen | Author of the sequence and contact for questions. This could be a person or a lab. | Autor der Sequenz und Kontaktperson für Fragen. Dies kann eine Person oder ein Labor sein. | 0:1 | VARCHAR or VOCABULARY | string | Author A. | string | Lab of the sequence (Kann man das weglassen?) | MolecularSequence.extension:sequenceAuthor.valueString Name einer Person, ggf. unabhängig vom Sequenzierenden Labor = Melder | Autor der Sequenz | Autor der Sequenz und Kontaktperson für Fragen. Dies kann eine Person oder ein Labor sein. | <extension url="https://demis.rki.de/fhir/StructureDefinition/SequenceAuthor"> Max Mustermann | siehe SEQUENCING_LAB '[a-z,A-Z,0-9,_,-,' ',',']*' |
SEQUENCING_REASON | TRUE |
| Reason for the sequencing of this sample (e.g. random sample). | Grund für die Sequenzierung dieser Probe (z. B. Zufallsprobe). | 0:1 | VARCHAR or VOCABULARY | SEQUENCING_REASON | requested | code | Reason for the sequencing of this sample (e.g. random sample) | MolecularSequence.extension:sequencingReason.valueCoding.code Binding an: https://demis.rki.de/fhir/ValueSet/sequencingReason [required] | Grund für die Sequenzierung | Grund für die Sequenzierung dieser Probe (z. B. Zufallsprobe). Der jeweils zutreffende Grund für die Seqeunzierung ist in einem Profil vorgegeben. | <extension url="https://demis.rki.de/fhir/StructureDefinition/SequencingReason"> 385644000 (requested) | ValueSet aus SNOMED codes |
ISOLATE | FALSE |
| Identification or description of the specific individual micro-organism from which this sequence was obtained to distinguish biological replicates. | Identifizierung oder Beschreibung des spezifischen individuellen Mikroorganismus, von dem diese Sequenz gewonnen wurde, um biologische Replikate zu unterscheiden. | 0:* | VARCHAR | string | Isolate 1 | string | Identification or description of the specific individual micro-organism from which this sequence was obtained. | Specimen.extension:isolate → valueString | ID des Isolates | Identifizierung oder Beschreibung des spezifischen individuellen Mikroorganismus, von dem diese Sequenz gewonnen wurde, um biologische Replikate zu unterscheiden. |  Haben wir bisher nicht im FHIR-Beispiel | Freitext '[a-z,A-Z,0-9,_,-,' ',',']*' |
ISOLATION SOURCE_CODE | TRUE |
| Describes the local source of the organism from which the sequence was obtained, e.g. nasal, blood, stool using the simplifier material codes | Beschreibt die lokalen Ursprung des Organismus, von dem die Sequenz gewonnen wurde, z. B. nasal, Blut, Stuhl. unter Verwendung der simplifier material codes | 1:1 | VOCABULARY | https://simplifier.net/rki.demis.laboratory/material<pathogencode> E.g.: https://simplifier.net/rki.demis.laboratory/materialCVDP Code für Upper respiratory swab specimen (specimen) | code | Describes where and how the sample was taken from the host (SNOMED-Material) | Specimen.type.coding.code Hinweis: es müssen entsprechend noch andere Elemente unter Specimen.type gesetzt werden (vgl. IG und Beispiele) | Art des Probenmaterials | Beschreibt den lokalen Ursprung der Probe, von der die Sequenz gewonnen wurde. Der Wert muss entsprechend aus den Profilen des Meldetatbestandes aus den erregerspezifischen Laborbericht-Profilen für die Meldungen nach §7 im coding Element dargestellt werden. | <type> 258500001 (Nasopharyngeal swab (specimen)) 119334006 (Sputum specimen (specimen)) | https://simplifier.net/rki.demis.laboratory/material<pathogencode> E.g.: https://simplifier.net/rki.demis.laboratory/materialCVDP Code für Upper respiratory swab specimen (specimen) | |
ISOLATION SOURCE | FALSE |
| Describes the local source of the organism from which the sequence was obtained, e.g. nasal, blood, stool using the simplifier material display names | Beschreibt die lokalen Ursprung des Organismus, von dem die Sequenz gewonnen wurde, z. B. nasal, Blut, Stuhl unter Verwendung der simplifier material display names | 0:1 | VOCABULARY | https://simplifier.net/rki.demis.laboratory/material<pathogencode> E.g.: https://simplifier.net/rki.demis.laboratory/materialCVDP Code für Upper respiratory swab specimen (specimen) | Upper respiratory swab specimen (specimen) | string | Specimen.type.coding.display |
| <type> | |||
DATE_OF_SAMPLING | FALSE |
| The date the sample was taken. | Das Datum, an dem die Probe entnommen wurde | 0:1 | DATE | date (YYYY-MM-DD) | 2024-12-31 | dateTime | Date the sample was taken | Specimen.collection.collectedDateTime | Probenentnahmedatum | Das Datum, an dem die Probe entnommen wurde. | <collectedDateTime value="2022-02-01T09:50:00.000+01:00"/> | YYYY-MM-DD |
DATE_OF_RECEIVING | TRUE |
| Date the sample arrived in the lab | Datum an dem die Probe im Labor eingegangen ist. | 1:1 | DATE | date (YYYY-MM-DD) | 2025-01-31 | dateTime | Date the sample arrived in the lab | Specimen.receivedTime | <receivedTime value="2024-08-23T10:28:00.000000+02:00"/> | YYYY-MM-DD | ||
DEMIS_SEQUENCE_ID / IGS-ID | N/A Nicht teil des csv,-Uploads | Nicht teil des csv,-Uploads | VARCHAR | Identifier | UUID- generated by DEMIS, reported back to the lab (Quittung), included with notification to health authorities (Formatkontrolle in SurvNet) Prüfziffer in UUID Anteil | Specimen.processing.extension:transactionID VOM BACKEND GENERIERTE UND GESETZTE ID | Transaktions-ID: Verweis auf das Analyseergebnis der Integrierte Molekulare Surveillance (IMS) | UUID - wird von DEMIS generiert, an die Sequenzmetadaten angehöngt und an das Labor per maschinenlesbaren Reports zurückgemeldet und der Meldung an die Gesundheitsbehörden beigefügt. Definition Format: IMS-12345-XYZP-XXXXXXXX-XXXX-XXXX-XXXX-XXXXXXXXXXXX IMS: fester Prefix 12345: 5-stelliger Identifier (DEMIS-Username) des sequenzierenden Labors (Untersuchungslabors). Falls Sie noch nicht registriert sind, wenden Sie sich bitte an demis@rki.de. XYZP: 4-stelliges DEMIS-Kürzel, welches dem Übermittlungstatbestand direkt zugeordnet wird. Beispielsweise für SARS-CoV-2 lautet das Erreger-Kürzel CVDP. XXXXXXXX-XXXX-XXXX-XXXX-XXXXXXXXXXXX: automatisch von DEMIS generierte Zeichenfolge mit ASCII-Zeichensatz und dem Muster 8-4-4-4-12. Beispiel: IMS-10001-CVDP-be8131da-9024-41a4-a53c-3ce0d6f6fe37 | 'IMS-[0-9]{5}-[A-Z]{4}-[A-z,0-9,-,_]*' | ||||||
DATE_OF_SEQUENCING | TRUE |
| The date the sample was sequenced. | Das Datum, an dem die Probe sequenziert wurde. | 0:1 | DATE | dateTime | Date of Sequencing | Specimen.processing.time[x] | Sequenzierungsdatum | Das Datum, an dem die Probe sequenziert wurde. | <timeDateTime value="2022-03-11T10:40:00.000+01:00"></timeDateTime> | YYYY-MM-DD | ||
SEQUENCING_STRATEGY | TRUE |
| The sequencing strategy that was used to sequence the sample. This property is based on the ENA documentation. | Die Sequenzierstrategie, die für die Sequenzierung der Probe verwendet wurde. Diese Eigenschaft basiert auf der ENA-Dokumentation. | 0:1 | VOCABULARY | SEQUENCING_STRATEGY | WGS | code | The sequencing strategy that was used to sequence the sample. This property is based on the ENA documentation. | Specimen.processing.procedure.coding.code Binding an: https://demis.rki.de/fhir/ValueSet/sequencingStrategy [required] Hinweis: es müssen entsprechend noch andere Elemente unter Specimen.processing.procedure gesetzt werden (vgl. IG und Beispiele) | Sequenzierungsstrategie | Die Sequenzierungsstrategie, die für die Sequenzierung der Probe verwendet wurde. Die Angabe zur Strategie ist in von der ENA Dokumentation abgeleiteten Profilen vorgegeben. | <procedure> WGS | Kodieren? → ist machbar (Specimen.processing.procedure ist CodeableConcept) |
NAME_AMP_PROTOCOL | FALSE |
| Name of the protocol that was used to sequence the sample. | Name des Protokolls, das für die Sequenzierung der Probe verwendet wurde. | 0:1 | VARCHAR | ^[a-zA-Z0-9_ ,-]+$ | Protocol1 | string | Name des Protokolls | Specimen.processing.description | Name des Sequenzierungsprotokolls | Name des Protokolls, das für die Sequenzierung der Probe verwendet wurde | <description value="ARTICv4"></description> CVD_Artic_Protokoll_2.1 | '[a-z,A-Z,0-9,_,-,' ',',']*' |
ADAPTER | FALSE |
| The sequencing adapters that were used for sequencing. | Die Sequenzieradapter, die für die Sequenzierung verwendet wurden. | 0..* | VARCHAR | ^[\\+a-zA-Z0-9_ ,-]+$ | Adapter1 | string | The sequencing adapters that were used for sequencing. | Substance.description Hinweis: es müssen entsprechend noch andere Elemente unter Substance gesetzt werden (vgl. IG und Beispiele) verlinkt über: | Sequenzierungsadapter | Angaben zu den Sequenzierungsadaptern, die für die Sequenzierung verwendet wurden. | <Substance xmlns="http://hl7.org/fhir"> ... <code> <coding> <system value="https://demis.rki.de/fhir/CodeSystem/sequencingSubstances"></system> <code value="adapter"></code> <display value="Adapter Sequence"></display> </coding> </code> <description value="TAGCGAGT"></description> </Substance> | '[a-z,A-Z,0-9,_,-,' ',',']*' |
PRIMER_SCHEME | FALSE |
| Name of the used primer scheme if amplicon sequencing is used. | Der Name des Primer Schema für die Amplikon Sequenzierung. | 0..* | VARCHAR | ^[a-zA-Z0-9_ ,-\\.]+$ | Scheme1 | string | primer scheme that was used during amplicon sequencing, maybe link to github, where sequences are listed | Substance.description Hinweis: es müssen entsprechend noch andere Elemente unter Substance gesetzt werden (vgl. IG und Beispiele) verlinkt über: | Name des Primer Scheme, das zur Amplicon Sequenzierung benutzt wurde | <Substance xmlns="http://hl7.org/fhir"> ... <code> <coding> <system value="https://demis.rki.de/fhir/CodeSystem/sequencingSubstances"></system> <code value="primer"></code> <display value="Primer Sequence"></display> </coding> </code> <description value="ARTICv4.1 - https://github.com/artic-network/primer-schemes/blob/master/nCoV-2019/V4.1/SARS-CoV-2.primer.bed"></description> </Substance> | ||
PRIME_DIAGNOSTIC_LAB.DEMIS_LAB_ID | FALSE |
| DEMIS lab ID of the prime diagnostic lab where the biological sample was first analyzed. | DEMIS-Labor-ID des diagnostischen Hauptlabors, in dem die biologische Probe zuerst untersucht wurde. | 0:1 | VARCHAR | ^DEMIS-[0-9]{5}$ | 10001 | string | DEMIS Participant ID, angeben wenn vorhanden | Einsender der Probe Organization.identifier.value Hinweis: es müssen entsprechend noch andere Elemente gesetzt werden (vgl. IG und Beispiele) verlinkt über: | DEMIS-Participant-ID des diagnostischen Hauptlabors, in dem die biologische Probe entnommen wurde | <identifier> <system value=" https://demis.rki.de/fhir/NamingSystem/DemisParticipantId"></system> <value value="10116"></value> </identifier> | "Einsender" Organization, kann aber auch eine Person sein, dann wird die Adresse der Praxis angegeben = SubmittingRole.Organization | |
PRIME_DIAGNOSTIC_LAB.NAME | TRUE |
| Name of the prime diagnostic lab | Name des Hauptdiagnoselabors. | 1:1 | VARCHAR | ^[a-zA-Z0-9_ ,-äöüÄÖÜß]+$ | Lab1 | string | Einsender der Probe Organization.name verlinkt über: | <name value="Labor Dr. Limbach & Kollegen GbR"></name> | '[a-z,A-Z,0-9,_,-,' ',',']*' | |||
PRIME_DIAGNOSTIC_LAB.EMAIL | TRUE |
| E-mail of the prime diagnostic lab. | E-mail des Hauptdiagnoselabors | 1:1 | VARCHAR | string | (wenn die email Adresse nicht bekannt ist, kann eine alternative Adresse eingefügt werden) | string | Organization.telecom:Email.value https://hl7.org/fhir/R4/organization.html | |||||
PRIME_DIAGNOSTIC_LAB.ADDRESS | TRUE |
| Street of the prime diagnostic lab. | Straße des Hauptdiagnoselabors | 1:1 | VARCHAR | string | Nordufer 20 | string | Einsender der Probe Organization.address.line verlinkt über: | <address> <line value="Im Breitspiel 16"></line> <city value="Heidelberg"></city> <postalCode value="69126"></postalCode> <country value="DE"></country> </address> | '[a-z,A-Z,0-9,_,-,' ',',']*' | |||
PRIME_DIAGNOSTIC_LAB.CITY | TRUE | | City code of the prime diagnostic lab. | Stadt des Hauptdiagnoselabors. | 1:1 | VARCHAR | string | Berlin | string | Einsender der Probe Organization.address.city verlinkt über: | <address> <line value="Im Breitspiel 16"></line> <city value="Heidelberg"></city> <postalCode value="69126"></postalCode> <country value="DE"></country> </address> | ||||
PRIME_DIAGNOSTIC_LAB.POSTAL_CODE | TRUE |
| Zip code of the prime diagnostic lab. | Postleitzahl des Hauptdiagnoselabors | 1:1 | VARCHAR | ^[0-9]{5}$ | 13353 | string | Einsender der Probe Organization.adress.postalCode verlinkt über: | <address> <line value="Im Breitspiel 16"></line> <city value="Heidelberg"></city> <postalCode value="69126"></postalCode> <country value="DE"></country> </address> | '[0-9]{5}' | |||
PRIME_DIAGNOSTIC_LAB.FEDERAL_STATE | FALSE |
| Federal State of the prime diagnostic lab. | Land des Hauptdiagnoselabors | 0:1 | VOCABULARY | ISO Code https://simplifier.net/packages/de.basisprofil.r4/1.4.0/files/656722 | DE-BE | string | Einsender der Probe Organization.adress.state verlinkt über: |
<address> | ISO-Code | |||
PRIME_DIAGNOSTIC_LAB.COUNTRY | TRUE |
| Country of the prime diagnostic lab. | Land des Hauptdiagnoselabors. | 1:1 | VOCABULARY | ISO-Code https://simplifier.net/packages/hl7.fhir.r4.core/4.0.1/files/79837 | DE | string | Einsender der Probe Organization.address.country https://hl7.org/fhir/R4/organization.html verlinkt über: | <address> | ||||
SEQUENCING_LAB.DEMIS_LAB_ID | TRUE |
| DEMIS lab ID of sequencing lab where the biological sample was sequenced. | DEMIS-Labor-ID des Sequenzierlabors, in dem die biologische Probe sequenziert wurde. | 1:1 | VARCHAR | ^[0-9]{5}$ | 12345 | string | DEMIS Participant ID | Sequenzierendes Labor Organization.identifier.value verlinkt über: | <identifier> <system value=" https://demis.rki.de/fhir/NamingSystem/DemisParticipantId">> <value value="10565"></value> </identifier> | = Melder nur Organization = NotifierFacility | ||
SEQUENCING_LAB.NAME | TRUE |
| Name of the sequencing lab. | Name des Sequenzierlabors | 1:1 | VARCHAR | [A-z0-9_- ,]+ | Lab2 | string | Sequenzierendes Labor Organization.name verlinkt über: | <name value="Forschungszentrum Borstel"></name> | '[a-z,A-Z,0-9,_,-,' ',',']*' | |||
SEQUENCING_LAB.EMAIL | TRUE |
| E-mail of the sequencing lab. | E-mail des Sequenzierlabors. | 1:1 | string | my@email.com | Sequenzierendes Labor Organization.telecom:Email.value https://hl7.org/fhir/R4/organization.html verlinkt über: MolecularSequence.performer | |||||||
SEQUENCING_LAB.ADDRESS | TRUE |
| Street, house number, and city of the sequencing lab. | Straße, Hausnummer und Ort des Sequenzierlabors. | 0:1 | VARCHAR | ^[a-zA-Z0-9_ ,-äöüÄÖÜß]+$ | Seestr. 10 | string | Sequenzierendes Labor Organization.address.line verlinkt über: | <address> <line value="Parkallee 1"></line> <city value="Borstel"></city> <postalCode value="23845"></postalCode> <country value="DE"></country> </address> | '[a-z,A-Z,0-9,_,-,' ',',']*' | |||
SEQUENCING_LAB.CITY | TRUE |
| City of the sequencing lab. | Stadt des Sequenzierlabors. | 1:1 | VARCHAR | string | Berlin | string | Sequenzierendes Labor Organization.address.city verlinkt über: | <address> <line value="Parkallee 1"></line> <city value="Borstel"></city> <postalCode value="23845"></postalCode> <country value="DE"></country> </address> | ||||
SEQUENCING_LAB.POSTAL_CODE | TRUE |
| Zip code of the sequencing lab. | Postleitzahl des Sequenzierlabors. | 1:1 | VARCHAR | ^[0-9]{5}$ | 13353 | string | Sequenzierendes Labor Organization.address.postalCode verlinkt über: | <address> <line value="Parkallee 1"></line> <city value="Borstel"></city> <postalCode value="23845"></postalCode> <country value="DE"></country> </address> | '[0-9]{5}' | |||
SEQUENCING_LAB.FEDERAL_STATE | FALSE |
| Federal State of the sequencing lab. | Land des Sequenzierlabors | 0:1 | VOCABULARY | ISO Code https://simplifier.net/packages/de.basisprofil.r4/1.4.0/files/656722 | DE-BE | string | Sequenzierendes Labor Organization.address.state verlinkt über: | <address> <line value="Parkallee 1"></line> <city value="Borstel"></city> <postalCode value="23845"></postalCode> <state value="DE-SH"></state> <country value="DE"></country> </address> | ISO-Code | |||
SEQUENCING_LAB.COUNTRY | TRUE |
| Country of the sequencing lab. | Land des Sequenzierlabors. | 1:1 | ISO-Code https://simplifier.net/packages/hl7.fhir.r4.core/4.0.1/files/79837 | DE | string | Sequenzierendes Labor Organization.address.country https://hl7.org/fhir/R4/organization.html verlinkt über: | <address> <line value="Parkallee 1"></line> <city value="Borstel"></city> <postalCode value="23845"></postalCode> <state value="DE-SH"></state> <country value="DE"></country> </address> | ISO-Code | ||||
Angaben zu REPOSITORY | FALSE, wenn Angabe, dann: |
| |||||||||||||
REPOSITORY_NAME | TRUE |
| Was the sequence uploaded to a repository (e.g. GISAID, ENA) already. | Wurde die Sequenz bereits in ein Repository (z. B. GISAID, ENA) hochgeladen. | 0:1 | VOCABULARY | REPOSITORY_NAME | ENA | string | Was the sequence uploaded to a databank (e.g. GISAID, ENA) already, Einschluss keiner oder mehrerer UPLOAD | MolecularSequence.repository.name (R5: MolecularSequence.formatted.title) | Name des Repositorium | Name des Repositorium, in das die die Sequenz bereits hochgeladen wurde oder wird. Es können mehrere Repositorien angegeben werden. Die Angabe zum Repository ist in Profilen vorgegeben. | <repository> GISAID | ValueSet REPOSITORY_NAME |
REPOSITORY_LINK | FALSE |
| Hyperlink to the sample in the repository. | Hyperlink zur Probe im Repositorium. | 0:1 | HYPERLINK | string | https://www.ena.de/DESH-377b53a7-ce88-4346-8b24-5d10e66e9774 | uri | MolecularSequence.repository.url (R5: MolecularSequence.formatted.url) | Hyperlink | Hyperlink zur Sequenz im Repositorium | <repository> ... <url value="https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/ERR11049438"></url> ... </repository> | ||
REPOSITORY_ID | FALSE |
| The ID of the sample in the repository. | Die ID der Probe im Repositorium. | 0:1 | VARCHAR | string | DESH-377b53a7-ce88-4346-8b24-5d10e66e9774 | string | MolecularSequence.repository.datasetId (R5: Extension für MolecularSequence.formatted) | Die ID der Sequenz im Repositorium. | <repository> ... <datasetId value="ERR11049438"></datasetId> </repository> | |||
UPLOAD_DATE | FALSE |
| The date the sample was uploaded to the repository | Das Datum, an dem die Probe in das Repository hochgeladen wurde | 0:1 | TIMESTAMP | date (YYYY-MM-DD) | 2024-12-31 | dateTime | MolecularSequence.repository.extension:sequenceUploadDate.valueDateTime | Upload-Datum | Das Datum, an dem die Sequenz in das Repositorium hochgeladen wurde | <repository> <extension url="https://demis.rki.de/fhir/StructureDefinition/SequenceUploadDate"> <valueDateTime value="2023-03-07"></valueDateTime> </extension> ... </repository> | ||
UPLOAD_STATUS | TRUE |
| The status of the upload. Is the sample already uploaded, or is the upload in preparation? | Der Status des Uploads. Wurde die Probe bereits hochgeladen oder ist der Upload in Vorbereitung? | 0:1 | VOCABULARY | UPLOAD_STATUS | Accepted | coding | MolecularSequence.repository.extension:sequenceUploadStatus.valueCoding (R5: Extension für MolecularSequence.formatted) | Status des Upload | Der Status des Uploads gibt wieder, ob die Sequenz z.B: bereits hochgeladen wurde oder der Upload in Vorbereitung ist Comments Der Status ist szenarienspezifisch folgendermaßen zu belegen. accepted- bei einem Upload der abegschlossen ist; planned- bei einem Upload der geplant ist, denied - bei einem Upload der fehlgeschlagen ist. Trifft keines der drei Szenarien zu, so wird "other" als Status verwendet | <repository> 397943006 (planned) | ValueSet aus SNOMED codes | |
UPLOAD_SUBMITTER | N/A Wird derzeit aus Datenschutzgründen nicht erfasst | Wird derzeit aus Datenschutzgründen nicht erfasst | Name of the responsible lab or person for the upload. | Name des Labors oder der Person, die für den Upload verantwortlich ist. | 0:1 | VARCHAR | string | Tobias T. | string | Name der Person, die den Upload gemacht hat | MolecularSequence.repository.extension:sequenceUploadStatus.valueCoding (R5: Extension für MolecularSequence.formatted) | Name des Labors oder der Person, die für den Upload verantwortlich ist. | <repository> ... <extension url="https://demis.rki.de/fhir/StructureDefinition/SequenceUploadSubmitter"> <valueString value="Vorname Nachname"></valueString> </extension> ... </repository> | ||
| 1...* | MolecularSequence.extension:sequenceDocumentReference | ||||||||||||||
FILE | N/A Wird nicht über die csv-Datei mitgegeben |
| 1..* | BINARY | Assembliert: fasta-Format, Rohdaten: fastq Format, Einschluss mehrerer FILES möglich | | |||||||||
| FILE_1_NAME | TRUE | | The filename that is connected to this sample is provided. | Der Dateiname einer Datei, die mit dieser Probe verbunden ist. | 1...* | VARCHAR | ^[a-zA-Z0-9_-]+\\.(fasta|fa|fastq|fq)(\\.gz)?$ | sample1_1.fastq.gz | string | DocumentReference.content.attachment.titleY | Der Dateiname einer Datei, die mit dieser Sequenz verbunden ist. | <DocumentReference xmlns="http://hl7.org/fhir"> <meta> <profile value="https://demis.rki.de/fhir/StructureDefinition/SequenceDocument"></profile> </meta> <status value="current"></status> <type> <coding> <system value="http://snomed.info/sct"></system> <code value="41482005"></code> <display value="Molecular sequence data (finding)"></display> </coding> </type> <content> <attachment> <contentType value="chemical/seq-na-fastq-gzip"></contentType> <title value="20004726_lib32570_nextseq_n0270_151bp_cleaned_R1.fastq.gz"></title> </attachment> </content> </DocumentReference> | ^[a-zA-Z0-9_-]+\\.(fasta|fa|fastq|fq)(\\.gz)?$ | ||
| FILE_2_NAME | FALSE | | The filename that is connected to this sample is provided. | Der Dateiname einer Datei, die mit dieser Probe verbunden ist. | 0...1 | ^[a-zA-Z0-9_-]+\\.(fasta|fa|fastq|fq)(\\.gz)?$ | sample1_2.fastq.gz | DocumentReference.content.attachment.titleZ | ^[a-zA-Z0-9_-]+\\.(fasta|fa|fastq|fq)(\\.gz)?$ | ||||||
FILE_1_SHA256SUM | TRUE |
| The SHA256SUM of the file provided. | Die SHA256SUM der bereitgestellten Datei. | 1...* | VARCHAR | ^[A-Fa-f0-9]{64}$ | c16516c6d9b1dd9c0f1e8ce8baf43d42031a32fcf75f1d69f16eb4b24df6fecd | DocumentReference.content.attachment.hash | Die SHA256SUM der bereitgestellten Datei. | ^[A-Fa-f0-9]{64}$ | ||||
FILE_2_SHA256SUM | FALSE |
| The SHA256SUM of the file provided. | Die SHA256SUM der bereitgestellten Datei. | 0...1 | ^[A-Fa-f0-9]{64}$ | d42031a32fcf75f1d69f16eb4b24df6fecdc16516c6d9b1dd9c0f1e8ce8baf43 | ^[A-Fa-f0-9]{64}$ |
Vocabularies
HOST_SEX
MELDETATBESTAND
SEQUENCING_INSTRUMENT
STATUS
SEQUENCING_PLATFORM
SEQUENCING_STRATEGY
SEQUENCING_REASON
FEDERAL_STATE
UPLOAD_STATUS
REPOSITORY_NAME
Umsetzung für LIS-Schnittstellen Anbindnung
- allgemein ist die Nutzung der FHIR Ressource MolecularSequence zu verwenden
- wir konzipieren in Version R4
IGS-Informationsmodell | |
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| Idee |
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Veranschaulichung |
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Profilierung und Zusammenspiel mit bestehenden Profilen der Labormeldung |
Änderungsbedarf an bestehenden Profilen:
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