Logisches Modell (inkl. Abbildung auf FHIR Ressourcen)
| VAR_NAME/Display in CSV | Kardinalität DEMIS | Mandatory csv/Upload | Excel/CSV Abbildung | VAR_CODE | FHIR-Datentyp | Description | Abbildung im Informationsmodell R4 (R5 in hellgrau)
| Hinweise im Leitfaden Short description | Hinweise im Leitfaden Definition | Beispiel | Codierung/Freitext + Sanity Check Angaben |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
STATUS | 1:1 | TRUE |
| VARCHAR | code | Versionierung erfolgt über composition status und Timestamp der Übermittlung | Composition.status | Status der Testergebnisse | - | <status value="final"/> | HL7-Kodierung https://simplifier.net/packages/hl7.fhir.r4.core/4.0.1/files/80407 |
DATE_OF_SUBMISSION | 1:1 | N/A | Wird nicht über die csv-Datei mitgegeben | DATE | dateTime | Datum der Übermittlung | Composition.extension:receptionTimeStamp
| Übermittlungsdatum | Das Datum der Übergabe an das RKI. Dieses wird vom System gesetzt | ||
| DEMIS_NOTIFICATION_ID | 1:1 | TRUE |  | VARCHAR | string | NotificationID M1 = Meldungs-ID M1 | Composition.relatesTo.targetReference.identifier.value Hinweis: es müssen entsprechend noch andere Elemente unter Composition.relatesTo gesetzt werden (vgl. IG und Beispiele) | MeldungsID-M1 | Die vom einsendenden Labor generierete, eindeutige UUID, die im Meldevorgang 1 (erste Meldung an das Gesundheitsamt) als MeldungID (NotificationID) verwendet wurde. | <relatesTo> <code value="appends"></code> <targetReference> <type value="Composition"/> <identifier> <system value="https://demis.rki.de/fhir/NamingSystem/NotificationId"/> <value value="f8585efb-1872-4a4f-b88d-8c889e93487b"/> </identifier> </targetReference> </relatesTo> | Der Wert muss eine UUID sein: ^[0-9a-fA-F]{8}\b-[0-9a-fA-F]{4}\b-[0-9a-fA-F]{4}\b-[0-9a-fA-F]{4}\b-[0-9a-fA-F]{12}$ |
GEOGRAPHIC_LOCATION | 0:1 | FALSE |
| VARCHAR or VOCABULARY | string | PLZ der Probe/Isolat | Patient.address.postalCode ABGEBILDET ÜBER BETROFFENE PERSON (NICHTNAMENTLICH) | <postalCode value="130"> | '[0-9]{3}' | ||
| HOST_SEX | 0:1 | FALSE |
| VOCABULARY | code | Patient.gender ABGEBILDET ÜBER BETROFFENE PERSON (NICHTNAMENTLICH) | <gender value="male"/> | https://simplifier.net/packages/hl7.fhir.r4.core/4.0.1/files/81193 | |||
HOST_BIRTH_MONTH | 0:1 | FALSE |
| Patient.birthDate ABGEBILDET ÜBER BETROFFENE PERSON (NICHTNAMENTLICH)
| <birthDate value="1978-12"/> | ||||||
HOST_BIRTH_YEAR | 0:1 | FALSE |
| DATE | date | Patient.birthDate ABGEBILDET ÜBER BETROFFENE PERSON (NICHTNAMENTLICH) | <birthDate value="1978-12"/> | ^[0-9]{4}-[0-9]{2}|[0-9]{4}$ | |||
| MELDETATBESTAND | 1:1 | TRUE | | VARCHAR | string | 4 Buchstabencode für den Meldetatbestand. Wird benutzt zur Sortierung nach Erreger oder Erregerspezifische QM etc. | DiagnosticReport.code.coding.code Hinweis: es müssen entsprechend noch andere Elemente unter DiagnosticReport.code gesetzt werden (vgl. IG und Beispiele) | Übermittlungstatbestand | Die Angabe des Übermittlungstatbestandes bezeichnet die Erregergruppe. Der Übermittlungstatbestand leitet sich aus den Profilen des Meldetatbestandes aus den erregerspezifischen Laborbericht-Profilen für die Meldungen nach §7. | <code> invp (Influenzavirus; Meldepflicht nur für den direkten Nachweis) mytp (Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium africanum, Mycobacterium bovis; Meldepflicht für den direkten Erregernachweis sowie nachfolgend für das Ergebnis der Resistenzbestimmung; vorab auch für den Nachweis säurefester Stäbchen im Sputum) | ValueSet RKI für Meldetatbestand (Der jeweils zutreffende Meldetatbestand ist in abgeleiteten erregerspezifischen Laborbericht-Profilen vorgegeben.) |
| SPECIES_CODE | 1:1 | TRUE | | VOCABULARY | CODE | detailliere Spezies Angabe, | Observation.value.CodableConcept.coding.code Aus AnswerSet-ValueSet für den spezifischen Erreger zu wählen. Hinweis: es müssen entsprechend noch andere Elemente unter Observation gesetzt werden (vgl. IG und Beispiele) z.B.: Observation.code: Über den Upload im Meldeportal fix gesetzt (41852-5); Upload über die Schnittstelle aus den erregerspezifischen LaboratoryTest-Valuesets Observation.method | Speziesangabe | Ausführliche Beschreibung der Spezies unter Verwendung der erregerspezifischen AnswerSet-Profile der §7 Meldungen | <code> 442352004 (Influenza A virus subtype H1N1 (organism)) 113861009 (Mycobacterium tuberculosis (organism)) | Codiert (SNOMED) Answer Set https://simplifier.net/rki.demis.laboratory/answerSet<pathogencode> E.g.: https://simplifier.net/rki.demis.laboratory/answerSetCVDP SNOMED Code für Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (organism)
|
| SPECIES | 0:1 | FALSE | | VOCABULARY | {diverse} | detailliere Spezies Angabe, | Observation.value.CodableConcept.coding.display | Speziesangabe |
| <code> | |
SEQUENCING_PLATFORM | 1:1 | TRUE |
| VOCABULARY | code | The sequence platform this sample was obtained from, Instrument, wenn möglich verknüpft mit Plattform, oder unspecided - Plattform | Device.type.coding.code Hinweis: es müssen entsprechend noch andere Elemente unter Device.type gesetzt werden (vgl. IG und Beispiele) | Sequenzierungsplattform | Die Sequenzierungsplattform, die für die Sequenzierung der Probe verwendet wurde. Die jeweils zutreffende Plattform ist in von der ENA Dokumentation abgeleiteten Profilen vorgegeben. | <type> | Value Set aus ENA (https://ena-docs.readthedocs.io/en/latest/submit/reads/webin-cli.html#permitted-values-for-platform) |
SEQUENCING_INSTRUMENT | 1:1 | TRUE |
| VOCABULARY | string | Device.deviceName.name Binding an: https://demis.rki.de/fhir/ValueSet/sequencingDevice [required] Hinweis: es müssen entsprechend noch andere Elemente unter Device.deviceName gesetzt werden (vgl. IG und Beispiele) | Sequenzierungsgerät | Das Sequenzierungsgerät, das für die Sequenzierung der Probe verwendet wurde. Das jeweils zutreffende Instrument ist in von der ENA Dokumentation abgeleiteten Profilen vorgegeben. | <deviceName> NextSeq_500 | Value Set aus ENA (https://ena-docs.readthedocs.io/en/latest/submit/reads/webin-cli.html#permitted-values-for-platform) | |
| LAB_SEQUENCE_ID | 1:1 | TRUE | | VARCHAR | string | own Lab ID (FASTA ID e.g. SARS-CoV-2) | MolecularSequence.identifier.value | Laboreigene ID der Probe | Die eineindeutige ID der Probe, die vom einreichenden Labor verwendet wird. | <identifier> 21008673_lib45604_nextseq_ny0014 | Freitext '[A-z,0-9,-,_]* |
LIBRARY_SOURCE | 1:1 | TRUE | Nicht teil der csv, wird durch backend belegt | VARCHAR or VOCABULARY | code | MolecularSequence.type FIXER WERT ("dna") aus VS sequenceType | muss nicht ins CSV wird automatisch als "dna" gesetzt
| <type value="dna"></type> | |||
AUTHOR | 0:1 | FALSE | Wir derzeit nicht gesetzt aus Datenschutzgründen | VARCHAR or VOCABULARY | string | Lab of the sequence (Kann man das weglassen?) | MolecularSequence.extension:sequenceAuthor.valueString Name einer Person, ggf. unabhängig vom Sequenzierenden Labor = Melder | Autor der Sequenz | Autor der Sequenz und Kontaktperson für Fragen. Dies kann eine Person oder ein Labor sein. | <extension url="https://demis.rki.de/fhir/StructureDefinition/SequenceAuthor"> Max Mustermann | siehe SEQUENCING_LAB '[a-z,A-Z,0-9,_,-,' ',',']*' |
SEQUENCING_REASON | 0:1 | TRUE |
| VARCHAR or VOCABULARY | code | Reason for the sequencing of this sample (e.g. random sample) | MolecularSequence.extension:sequencingReason.valueCoding.code Binding an: https://demis.rki.de/fhir/ValueSet/sequencingReason [required] | Grund für die Sequenzierung | Grund für die Sequenzierung dieser Probe (z. B. Zufallsprobe). Der jeweils zutreffende Grund für die Seqeunzierung ist in einem Profil vorgegeben. | <extension url="https://demis.rki.de/fhir/StructureDefinition/SequencingReason"> 385644000 (requested) | ValueSet aus SNOMED codes |
ISOLATE | 0:* | FALSE |
| VARCHAR | string | Identification or description of the specific individual micro-organism from which this sequence was obtained. | Specimen.extension:isolate → valueString | ID des Isolates | Identifizierung oder Beschreibung des spezifischen individuellen Mikroorganismus, von dem diese Sequenz gewonnen wurde, um biologische Replikate zu unterscheiden. |  Haben wir bisher nicht im FHIR-Beispiel | Freitext '[a-z,A-Z,0-9,_,-,' ',',']*' |
ISOLATION SOURCE_CODE | 1:1 | TRUE |
| VOCABULARY | code | Describes where and how the sample was taken from the host (SNOMED-Material) | Specimen.type.coding.code Hinweis: es müssen entsprechend noch andere Elemente unter Specimen.type gesetzt werden (vgl. IG und Beispiele) | Art des Probenmaterials | Beschreibt den lokalen Ursprung der Probe, von der die Sequenz gewonnen wurde. Der Wert muss entsprechend aus den Profilen des Meldetatbestandes aus den erregerspezifischen Laborbericht-Profilen für die Meldungen nach §7 im coding Element dargestellt werden. | <type> 258500001 (Nasopharyngeal swab (specimen)) 119334006 (Sputum specimen (specimen)) | https://simplifier.net/rki.demis.laboratory/material<pathogencode> E.g.: https://simplifier.net/rki.demis.laboratory/materialCVDP Code für Upper respiratory swab specimen (specimen) |
ISOLATION SOURCE | 0:1 | FALSE |
| VOCABULARY | string | Specimen.type.coding.display |
| <type> | |||
DATE_OF_SAMPLING | 0:1 | FALSE |
| DATE | dateTime | Date the sample was taken | Specimen.collection.collectedDateTime | Probenentnahmedatum | Das Datum, an dem die Probe entnommen wurde. | <collectedDateTime value="2022-02-01T09:50:00.000+01:00"/> | YYYY-MM-DD |
DATE_OF_RECEIVING | 1:1 | TRUE |
| DATE | dateTime | Date the sample arrived in the lab | Specimen.receivedTime | <receivedTime value="2024-08-23T10:28:00.000000+02:00"/> | YYYY-MM-DD | ||
DEMIS_SEQUENCE_ID / IGS-ID | N/A | VARCHAR | Identifier | UUID- generated by DEMIS, reported back to the lab (Quittung), included with notification to health authorities (Formatkontrolle in SurvNet) Prüfziffer in UUID Anteil | Specimen.processing.extension:transactionID VOM BACKEND GENERIERTE UND GESETZTE ID | Transaktions-ID: Verweis auf das Analyseergebnis der Integrierte Molekulare Surveillance (IMS) | UUID - wird von DEMIS generiert, an die Sequenzmetadaten angehöngt und an das Labor per maschinenlesbaren Reports zurückgemeldet und der Meldung an die Gesundheitsbehörden beigefügt. Definition Format: IMS-12345-XYZP-XXXXXXXX-XXXX-XXXX-XXXX-XXXXXXXXXXXX IMS: fester Prefix 12345: 5-stelliger Identifier (DEMIS-Username) des sequenzierenden Labors (Untersuchungslabors). Falls Sie noch nicht registriert sind, wenden Sie sich bitte an demis@rki.de. XYZP: 4-stelliges DEMIS-Kürzel, welches dem Übermittlungstatbestand direkt zugeordnet wird. Beispielsweise für SARS-CoV-2 lautet das Erreger-Kürzel CVDP. XXXXXXXX-XXXX-XXXX-XXXX-XXXXXXXXXXXX: automatisch von DEMIS generierte Zeichenfolge mit ASCII-Zeichensatz und dem Muster 8-4-4-4-12. Beispiel: IMS-10001-CVDP-be8131da-9024-41a4-a53c-3ce0d6f6fe37 | 'IMS-[0-9]{5}-[A-Z]{4}-[A-z,0-9,-,_]*' | |||
DATE_OF_SEQUENCING | 0:1 | TRUE |
| DATE | dateTime | Date of Sequencing | Specimen.processing.time[x] | Sequenzierungsdatum | Das Datum, an dem die Probe sequenziert wurde. | <timeDateTime value="2022-03-11T10:40:00.000+01:00"></timeDateTime> | YYYY-MM-DD |
SEQUENCING_STRATEGY | 0:1 | TRUE |
| VOCABULARY | code | The sequencing strategy that was used to sequence the sample. This property is based on the ENA documentation. | Specimen.processing.procedure.coding.code Binding an: https://demis.rki.de/fhir/ValueSet/sequencingStrategy [required] Hinweis: es müssen entsprechend noch andere Elemente unter Specimen.processing.procedure gesetzt werden (vgl. IG und Beispiele) | Sequenzierungsstrategie | Die Sequenzierungsstrategie, die für die Sequenzierung der Probe verwendet wurde. Die Angabe zur Strategie ist in von der ENA Dokumentation abgeleiteten Profilen vorgegeben. | <procedure> WGS | Kodieren? → ist machbar (Specimen.processing.procedure ist CodeableConcept) |
NAME_AMP_PROTOCOL | 0:1 ? | FALSE |
| VARCHAR | string | Name des Protokolls | Specimen.processing.description | Name des Sequenzierungsprotokolls | Name des Protokolls, das für die Sequenzierung der Probe verwendet wurde | <description value="ARTICv4"></description> CVD_Artic_Protokoll_2.1 | '[a-z,A-Z,0-9,_,-,' ',',']*' |
ADAPTER | 0..* | FALSE |
| VARCHAR | string | The sequencing adapters that were used for sequencing. | Substance.description Hinweis: es müssen entsprechend noch andere Elemente unter Substance gesetzt werden (vgl. IG und Beispiele) verlinkt über: | Sequenzierungsadapter | Angaben zu den Sequenzierungsadaptern, die für die Sequenzierung verwendet wurden. | <Substance xmlns="http://hl7.org/fhir"> ... <code> <coding> <system value="https://demis.rki.de/fhir/CodeSystem/sequencingSubstances"></system> <code value="adapter"></code> <display value="Adapter Sequence"></display> </coding> </code> <description value="TAGCGAGT"></description> </Substance> | '[a-z,A-Z,0-9,_,-,' ',',']*' |
PRIMER_SCHEME | 0..* | FALSE |
| VARCHAR | string | primer scheme that was used during amplicon sequencing, maybe link to github, where sequences are listed | Substance.description Hinweis: es müssen entsprechend noch andere Elemente unter Substance gesetzt werden (vgl. IG und Beispiele) verlinkt über: | Name des Primer Scheme, das zur Amplicon Sequenzierung benutzt wurde | <Substance xmlns="http://hl7.org/fhir"> ... <code> <coding> <system value="https://demis.rki.de/fhir/CodeSystem/sequencingSubstances"></system> <code value="primer"></code> <display value="Primer Sequence"></display> </coding> </code> <description value="ARTICv4.1 - https://github.com/artic-network/primer-schemes/blob/master/nCoV-2019/V4.1/SARS-CoV-2.primer.bed"></description> </Substance> | ||
PRIME_DIAGNOSTIC_LAB.DEMIS_LAB_ID | 0:1 | FALSE |
| VARCHAR | string | DEMIS Participant ID, angeben wenn vorhanden | Einsender der Probe Organization.identifier.value Hinweis: es müssen entsprechend noch andere Elemente gesetzt werden (vgl. IG und Beispiele) verlinkt über: | DEMIS-Participant-ID des diagnostischen Hauptlabors, in dem die biologische Probe entnommen wurde | <identifier> <system value=" https://demis.rki.de/fhir/NamingSystem/DemisParticipantId"></system> <value value="10116"></value> </identifier> | "Einsender" Organization, kann aber auch eine Person sein, dann wird die Adresse der Praxis angegeben = SubmittingRole.Organization | |
PRIME_DIAGNOSTIC_LAB.NAME | 1:1 | TRUE |
| VARCHAR | string | Einsender der Probe Organization.name verlinkt über: | <name value="Labor Dr. Limbach & Kollegen GbR"></name> | '[a-z,A-Z,0-9,_,-,' ',',']*' | |||
PRIME_DIAGNOSTIC_LAB.EMAIL | 1:1 | TRUE |
| VARCHAR | string | Organization.telecom:Email.value https://hl7.org/fhir/R4/organization.html | |||||
PRIME_DIAGNOSTIC_LAB.ADDRESS | 1:1 | TRUE |
| VARCHAR | string | Einsender der Probe Organization.address.line verlinkt über: | <address> <line value="Im Breitspiel 16"></line> <city value="Heidelberg"></city> <postalCode value="69126"></postalCode> <country value="DE"></country> </address> | '[a-z,A-Z,0-9,_,-,' ',',']*' | |||
PRIME_DIAGNOSTIC_LAB.CITY | 1:1 | TRUE | | VARCHAR | string | Einsender der Probe Organization.address.city verlinkt über: | <address> <line value="Im Breitspiel 16"></line> <city value="Heidelberg"></city> <postalCode value="69126"></postalCode> <country value="DE"></country> </address> | ||||
PRIME_DIAGNOSTIC_LAB.POSTAL_CODE | 1:1 | TRUE |
| VARCHAR | string | Einsender der Probe Organization.adress.postalCode verlinkt über: | <address> <line value="Im Breitspiel 16"></line> <city value="Heidelberg"></city> <postalCode value="69126"></postalCode> <country value="DE"></country> </address> | '[0-9]{5}' | |||
PRIME_DIAGNOSTIC_LAB.FEDERAL_STATE | 0:1 | FALSE |
| VOCABULARY | string | Einsender der Probe Organization.adress.state verlinkt über: |
<address> | ISO-Code | |||
PRIME_DIAGNOSTIC_LAB.COUNTRY | 1:1 | TRUE |
| VOCABULARY | string | Einsender der Probe Organization.address.country https://hl7.org/fhir/R4/organization.html verlinkt über: | <address> | ||||
SEQUENCING_LAB.DEMIS_LAB_ID | 1:1 | TRUE |
| VARCHAR | string | DEMIS Participant ID | Sequenzierendes Labor Organization.identifier.value verlinkt über: | <identifier> <system value=" https://demis.rki.de/fhir/NamingSystem/DemisParticipantId">> <value value="10565"></value> </identifier> | = Melder nur Organization = NotifierFacility | ||
SEQUENCING_LAB.NAME | 1:1 | TRUE |
| VARCHAR | string | Sequenzierendes Labor Organization.name verlinkt über: | <name value="Forschungszentrum Borstel"></name> | '[a-z,A-Z,0-9,_,-,' ',',']*' | |||
SEQUENCING_LAB.EMAIL | 1:1 | TRUE |
| Sequenzierendes Labor Organization.telecom:Email.value https://hl7.org/fhir/R4/organization.html verlinkt über: MolecularSequence.performer | |||||||
SEQUENCING_LAB.ADDRESS | 0:1 | TRUE |
| VARCHAR | string | Sequenzierendes Labor Organization.address.line verlinkt über: | <address> <line value="Parkallee 1"></line> <city value="Borstel"></city> <postalCode value="23845"></postalCode> <country value="DE"></country> </address> | '[a-z,A-Z,0-9,_,-,' ',',']*' | |||
SEQUENCING_LAB.CITY | 1:1 | TRUE |
| VARCHAR | string | Sequenzierendes Labor Organization.address.city verlinkt über: | <address> <line value="Parkallee 1"></line> <city value="Borstel"></city> <postalCode value="23845"></postalCode> <country value="DE"></country> </address> | ||||
SEQUENCING_LAB.POSTAL_CODE | 1:1 | TRUE |
| VARCHAR | string | Sequenzierendes Labor Organization.address.postalCode verlinkt über: | <address> <line value="Parkallee 1"></line> <city value="Borstel"></city> <postalCode value="23845"></postalCode> <country value="DE"></country> </address> | '[0-9]{5}' | |||
SEQUENCING_LAB.FEDERAL_STATE | 0:1 | FALSE |
| VOCABULARY | string | Sequenzierendes Labor Organization.address.state verlinkt über: | <address> <line value="Parkallee 1"></line> <city value="Borstel"></city> <postalCode value="23845"></postalCode> <state value="DE-SH"></state> <country value="DE"></country> </address> | ISO-Code | |||
SEQUENCING_LAB.COUNTRY | 1:1 | TRUE |
| Sequenzierendes Labor Organization.address.country https://hl7.org/fhir/R4/organization.html verlinkt über: | <address> <line value="Parkallee 1"></line> <city value="Borstel"></city> <postalCode value="23845"></postalCode> <state value="DE-SH"></state> <country value="DE"></country> </address> | ISO-Code | |||||
REPOSITORY_NAME | 0:1 | FALSE |
| VOCABULARY | string | Was the sequence uploaded to a databank (e.g. GISAID, ENA) already, Einschluss keiner oder mehrerer UPLOAD | MolecularSequence.repository.name (R5: MolecularSequence.formatted.title) | Name des Repositorium | Name des Repositorium, in das die die Sequenz bereits hochgeladen wurde oder wird. Es können mehrere Repositorien angegeben werden. Die Angabe zum Repository ist in Profilen vorgegeben. | <repository> GISAID | ValueSet REPOSITORY_NAME |
REPOSITORY_LINK | 0:1 | FALSE |
| HYPERLINK | uri | MolecularSequence.repository.url (R5: MolecularSequence.formatted.url) | Hyperlink | Hyperlink zur Sequenz im Repositorium | <repository> ... <url value="https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/ERR11049438"></url> ... </repository> | ||
REPOSITORY_ID | 0:1 | FALSE |
| VARCHAR | string | MolecularSequence.repository.datasetId (R5: Extension für MolecularSequence.formatted) | Die ID der Sequenz im Repositorium. | <repository> ... <datasetId value="ERR11049438"></datasetId> </repository> | |||
UPLOAD_DATE | 0:1 | FALSE |
| TIMESTAMP | dateTime | MolecularSequence.repository.extension:sequenceUploadDate.valueDateTime | Upload-Datum | Das Datum, an dem die Sequenz in das Repositorium hochgeladen wurde | <repository> <extension url="https://demis.rki.de/fhir/StructureDefinition/SequenceUploadDate"> <valueDateTime value="2023-03-07"></valueDateTime> </extension> ... </repository> | ||
UPLOAD_STATUS | 0:1 | FALSE |
| VOCABULARY | coding | MolecularSequence.repository.extension:sequenceUploadStatus.valueCoding (R5: Extension für MolecularSequence.formatted) | Status des Upload | Der Status des Uploads gibt wieder, ob die Sequenz z.B: bereits hochgeladen wurde oder der Upload in Vorbereitung ist Comments Der Status ist szenarienspezifisch folgendermaßen zu belegen. accepted- bei einem Upload der abegschlossen ist; planned- bei einem Upload der geplant ist, denied - bei einem Upload der fehlgeschlagen ist. Trifft keines der drei Szenarien zu, so wird "other" als Status verwendet | <repository> 397943006 (planned) | ValueSet aus SNOMED codes | |
UPLOAD_SUBMITTER | 0:1 | FALSE | Wird derzeit aus Datenschutzgründen nicht erfasst | VARCHAR | string | Name der Person, die den Upload gemacht hat | MolecularSequence.repository.extension:sequenceUploadStatus.valueCoding (R5: Extension für MolecularSequence.formatted) | Name des Labors oder der Person, die für den Upload verantwortlich ist. | <repository> ... <extension url="https://demis.rki.de/fhir/StructureDefinition/SequenceUploadSubmitter"> <valueString value="Vorname Nachname"></valueString> </extension> ... </repository> | ||
| 1...* | MolecularSequence.extension:sequenceDocumentReference | ||||||||||
FILE | 1..* | N/A |
| BINARY | Assembliert: fasta-Format, Rohdaten: fastq Format, Einschluss mehrerer FILES möglich | | |||||
| FILE_1_NAME | 1...* | TRUE | | VARCHAR | string | DocumentReference.content.attachment.titleY | Der Dateiname einer Datei, die mit dieser Sequenz verbunden ist. | <DocumentReference xmlns="http://hl7.org/fhir"> <meta> <profile value="https://demis.rki.de/fhir/StructureDefinition/SequenceDocument"></profile> </meta> <status value="current"></status> <type> <coding> <system value="http://snomed.info/sct"></system> <code value="41482005"></code> <display value="Molecular sequence data (finding)"></display> </coding> </type> <content> <attachment> <contentType value="chemical/seq-na-fastq-gzip"></contentType> <title value="20004726_lib32570_nextseq_n0270_151bp_cleaned_R1.fastq.gz"></title> </attachment> </content> </DocumentReference> | ^[a-zA-Z0-9_-]+\\.(fasta|fa|fastq|fq)(\\.gz)?$ | ||
| FILE_2_NAME | 0...1 | FALSE | | DocumentReference.content.attachment.titleZ | ^[a-zA-Z0-9_-]+\\.(fasta|fa|fastq|fq)(\\.gz)?$ | ||||||
FILE_1_SHA256SUM | 1...* | TRUE |
| VARCHAR | DocumentReference.content.attachment.hash | Die SHA256SUM der bereitgestellten Datei. | ^[A-Fa-f0-9]{64}$ | ||||
FILE_2_SHA256SUM | 0...1 | FALSE |
| ^[A-Fa-f0-9]{64}$ |
Umsetzung
- allgemein ist die Nutzung der FHIR Ressource MolecularSequence zu verwenden
- wir konzipieren in Version R4
IGS-Informationsmodell | |
|---|---|
| Idee |
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Veranschaulichung |
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Profilierung und Zusammenspiel mit bestehenden Profilen der Labormeldung |
Änderungsbedarf an bestehenden Profilen:
|
