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1. Einleitung

Die Erregernachweismeldung nach § 7 Infektionsschutzgesetz (IfSG) ist das Ergebnis virologischer und mikrobiologischer Diagnostik. Generell wird der direkte Nachweis eines Erregers gemeldet, nachgewiesen per Kultur, Mikroskopie, Nukleinsäure- oder Antigennachweis oder der indirekte Nachweis, nachgewiesen mittels serologischer Methoden. 

DEMIS verwendet zur Meldung des Untersuchungsbefundes inkl. Untersuchungsmaterial und -methode die Terminologien LOINC und SNOMED-CT. Seit der Einführung der Erregernachweismeldung für alle Meldetatbestände nach § 7 Abs. 1 IfSG im Januar 2022 hat sich gezeigt, dass insbesondere kulturelle Nachweise nicht direkt über LOINC abbildbar sind und es viel Spielraum gibt in der Anwendung von LOINC-Termen und ihrer Kombination mit SNOMED-CT.

Das Robert Koch-Institut (RKI) ist die nationale Behörde zur Vorbeugung übertragbarer Krankheiten sowie zur frühzeitigen Erkennung und Verhinderung der Weiterverbreitung von Infektionen. Das IfSG legt in diesem Zusammenhang Meldetatbestände in den §§ 6, 7, 34 und 36 fest. Darüber hinaus werden auf der Grundlage von § 13 IfSG für eine erweiterte epidemiologische Überwachung Daten an weitere Surveillance-Systeme des RKI übermittelt. Eines dieser Surveillance-Systeme ist die Antibiotika-Resistenz-Surveillance (ARS), bei der mikrobiologische Ergebnisse und dazugehörige Resistogramme an das RKI übermittelt werden. 

Das RKI, als Entwickler von DEMIS und ARS, hat zusammen mit mio42, die mit der Entwicklung des Mikrobiologiebefundes für die elektronische Patientenakte (ePA) beauftragt sind, und der Medizininformatik-Initiative (MII), deren Ziel es ist, Daten aus der Krankenversorgung und Forschung besser nutzbar zu machen, ein abgestimmtes Konzept für das Zusammenspiel von Profilen und Umgang mit den für die mikrobiologische Diagnostik bedeutsamen Terminologien LOINC und SNOMED-CT entwickelt.

2. Neue Semantik für die mikrobiologische Diagnostik - kurz

Das gemeinsame Konzept für die Abbildung der mikrobiologischen Diagnostik sieht folgende Angaben im der Meldung bzw. dem Befund vor:

• Es erfolgt die explizite Angabe des Probenmaterials und der angewandten Methode als SNOMED-CT-Code in den dafür vorgesehenen Feldern im Profil (Specimen.type; Observation.method)
• Die Methoden werden als SNOMED-CT qualifier values angegeben. DEMIS hat hier bislang procedure-Codes verlangt. Wir haben das ValueSet entsprechend angepasst.
• Die Ergebnisse werden als spezifizierter Erreger oder als ordinale Kodierung (z.B. nachgewiesen/nicht nachgewiesen) als SNOMED-CT-Code in das Ergebnisfeld eingetragen (Observation.value)
• Die Interpretation des Nachweises wird als SNOMED-CT-Code angegeben (Observation.interpretation)
• Es wird weiterhin ein LOINC-Code verwendet, der die "Frage" der durchgeführten Untersuchung stellt, die durch die SNOMED-CT Codes im Ergebnis "beantwortet" wird
  • PCR und serologische Nachweise werden bevorzugt mit LOINC-Codes befundet, die spezifisch für den Erreger sind, aber unspezifisch für Material und Methode, um Widersprüchlichkeit mit den SNOMED-CT kodierten Angaben zu vermeiden. Bei Bedarf werden dazu neue LOINC Codes beantragt
  • Liegen vom Hersteller des Test-Kits LOINC-Codes vor, dann können diese verwendet werden
  • Für die Befundung von mikrobiologischen Nachweisen, wie Kultur und Mikroskopie, bei der die Untersuchung fragt "Liegt ein Erreger vor und wenn ja welcher?", sind unspezifische LOINC-Codes zu verwenden.
    • Hier gibt es noch keine finale Abstimmung innerhalb des Gremiums, welcher LOINC-Code/welche LOINC-Codes zu verwenden sind. Um eine eineindeutige Befundung zu machen, wird der allgemeine LOINC-Code 41852-5 Microorganism or agent identified in Specimen bevorzugt. Um die Daten für Forschungszwecke vorauswählen zu, werden Codes wie 76346-6 Microorganism identified in Isolate by MS.MALDI-TOF bevorzugt, in denen die Methode grob angegeben ist.
      
    • DEMIS verwendet bis zu einer Einigung den Code 41852-5 Microorganism or agent identified in Specimen für Meldungen von Kultur, MALDI-TOF und Mikroskopienachweisen.

2.1 Umsetzung und Timeline für Labore/LIS-Hersteller

Vor diesem Hintergrund der abgestimmten Semantik und unter Berücksichtigung der im Rahmen der Meldepflicht nach § 7 IfSG bisher eingegangenen Meldungen der vergangenen drei Jahre haben wir die DEMIS ValueSets angepasst. Wir haben die ValueSets stark verkürzt, aber sie enthalten noch die am häufigsten genutzten LOINC-Codes, die z.B. in Material und Methode noch spezifisch sind. Dieser pragmatische Weg für den Umgang mit den Terminologien für die Erregernachweismeldungen soll sicherstellen, das Meldungen weiterhin ohne Verluste abgesetzt werden können. Zudem führen wir aus Qualitätsgründen, insbesondere zur Umsetzung vollständiger Angaben zur durchgeführten Diagnostik und einer automatischen Verarbeitung im Gesundheitsamt, eine strikte Profilierung ein, in der wir die Angabe von Codes (LOINC und SNOMED-CT) verpflichtend machen.

Im Mai 2025 werden die strikten Profile in die DEMIS-Livetestumgebung eingespielt. Labore und LIS-Hersteller haben dann 6 Monate Zeit, die Profile entsprechend anzupassen, bevor die strikten Profile auf der Produktivumgebung eingesetzt werden. Ab diesem Zeitpunkt werden Meldungen abgelehnt, die keinen SNOMED-CT Code aus dem entsprechenden erregerspezifischen ValueSet enthalten. Wenn Sie im Umsetzungszeitraum feststellen, dass Sie zwingend einen Code benötigen (ein Material, das Sie verwenden, fehlt, der LOINC eines Test-Kits ist nicht vorhanden usw.), so können Sie diesen Code mit dem zugehörigen Meldetatbestand an demis-support@rki.de senden, damit eine Aufnahme in die ValueSets geprüft werden kann.

2.2 Veränderungen

Bislang wurden alle für einen Erreger erhältlichen LOINC-Codes angeboten, die die Diagnostik im Sinne der Meldepflicht abdecken. Die Meldung mit einem LOINC war zudem nicht zwingend notwendig. Das Angeben der ergänzenden SNOMED-Codes war nicht verpflichtend, sodass Meldungen ohne Material- oder Methodenangabe übermittelt werden konnten. So war es im Labor möglich, sehr spezifische LOINC-Codes zu nutzen, die keine Ergänzung durch SNOMED-Codes erfordern, oder auch allgemeinere LOINC-Codes zu nutzen, die es doch erfordern, dass Material und Methoden ergänzt werden.

Diese Auswahl der LOINC-Codes wurde nun um die spezifischen Material- und Methoden-spezifischen LOINC-Codes gekürzt und ggf. um unspezifische LOINC-Codes ergänzt. Lediglich die am häufigsten verwendeten spezifischen LOINC-Codes wurden ausnahmsweise beibehalten, um größere Probleme der Rückwärtskompatibilität zu vermeiden. Es muss nun zwingend ein LOINC-Code angegeben werden.

Die Angabe der Material- und Methoden-SNOMED-CT Codes ist nun verpflichtend. Die Material-ValueSets sind nun bindend. Das bedeutet, dass nur Codes aus diesen ValueSets genommen werden können, die Meldungen werden andernfalls abgelehnt. Das Method-ValueSet ist noch nicht bindend, da wir gerade den Wechsel von procedure auf qualifier values vollziehen und noch nicht alle Methoden als Typ qualifier value vorliegen. Eine Beantragung bei SNOMED erfolgt. 

Das Ziel soll sein, dass Meldungen einheitlich die verwendete Methode und das Probenmaterial in SNOMED-CT codiert enthalten und keine Widersprüche zum verwendeten LOINC-Code entstehen. Die Verkürzung der ValueSets soll außerdem ermöglichen, die Auswahl von LOINCs für ein Mapping in den LIS/LIMS-Systemen zu vereinfachen.

Verwendung des LOINC Codes 41852-5 Microorganism or agent identified in Specimen

DEMIS-Meldungen enthalten häufig LOINC-Codes mit der Methode "organism specific culture". Diese LOINC-Codes sollen nun abgelöst werden durch den unspezifischen LOINC-Code "41852-5 Microorganism or agent identified in Specimen" mit dem Ergebnis des nachgewiesenen Erregers als SNOMED-Code (z.B. 56415008 Klebsiella pneumoniae (organism)) aus dem jeweiligen AnswerSet, ergänzt durch die Methode der Kultivierung, z.B. "409611004 | Aerobic blood culture (procedure) |" und des Probenausgangsmaterials in "Specimen.type".

3. Ausführliche Regeln im Umgang mit der Semantik

Um sicherzustellen, dass die mikrobiologische Diagnostik über Erreger und Methoden hinweg kohärent angewendet werden kann und die Nutzung der Codiersysteme für Datensender möglichst gut umsetzbar ist, haben wir Regeln formuliert, denen wir in der Überarbeitung der ValueSets gefolgt sind. Die Regeln dienen als Richtschnur, Kompromisse sind an verschiedenen Stellen nötig.

Die Grundregeln für den Umgang mit den zentralen Terminologien LOINC und SNOMED-CT für die Erregernachweismeldungen und an DEMIS anzubindende Surveillance-Systeme wie ARS sind dieselben. Für die Erregernachweismeldung arbeiten wir allerdings mit erregerspezifischen ValueSets, die für ARS nicht notwendig sind. Folgende Regeln wurden erstellt:

• Die Schritte der mikrobiologischen Diagnostik als Prozess sollen abgebildet werden können.

• ValueSets sind so erarbeitet bzw. in Erarbeitung, dass eine eineindeutige Abbildung von Pathogen, Material und Methode in den FHIR-Ressourcen möglich wird.

• Es werden genaue ValueSets definiert, die für Erregernachweismeldungen verbindlich sind. Andere als die hier veröffentlichten Codes können nicht verwendet werden. Hintergrund ist die Abbildung der Erregernachweismeldungen in den Softwareprodukten des ÖGD, für die ein Mapping notwendig ist.

• ValueSets können auf Anfrage um spezifische Codes erweitert werden.
• Zur Erststellung erregerspezifischer ValueSets greifen wir auf etablierte ValueSets wie das deutsche SNOMED-CT Microorganism reference set und SNOMED-CT Material set zu. 

• Kulturelle Verfahren

  • Für kulturelle Verfahren, bei denen es um eine Erregersuche und -identifizierung geht, wird ein unspezifischer LOINC-Code verwendet.
  • Pathogen, Material und Methode werden über SNOMED-CT abgebildet.

• Nicht-kulturelle Verfahren

  • Wird durch Anwendung nicht-kultureller Verfahren erregerspezifischen Fragestellungen nachgegangen, werden auch spezifischere LOINC-Codes verwendet; hierbei soll der LOINC-Code spezifisch für die „component“ sein, aber nach Möglichkeit unspezifisch für Methode („method“) und Material („system“).
  • Methode und Material werden über SNOMED-CT abgebildet.
  • Zu Zwecken der Kompatibilität mit bisher häufig gemeldeten Nachweisen enthalten die LaboratoryTest ValueSets auch einzelne LOINC-Codes, die spezifisch für die "component", Methode und Material, sind. 

4. Referenzierung der ValueSets

Die für die Abbildung mikrobiologischer Diagnostik entscheidenden Terminologien sind LOINC, SNOMED-CT und UCUM. Im Rahmen der Erregernachweismeldung sind entsprechende ValueSets seit 2020/2021 in Benutzung. Weitere ValueSets sind auf nationaler wie europäischer Ebene in Erarbeitung.

4.1. LOINC

Ziel ist es, für direkte und indirekte Erregernachweise phänotypische und genotypische Resistenztestungen in der Bakteriologie, Virologie und Parasitologie, definierte LOINC-Codes anzubieten, sowie für ordinale Antworten. Die ordinalen Antwortmöglichkeiten berücksichtigen dabei nicht die für einzelne LOINC-Codes vorgeschlagenen Antworten. LA11882-0 Detected z.B. kann austauschbar mit LA6576-8 Positive in DEMIS-Meldungen verwendet werden. Wir bieten für DEMIS weiterhin die Option an, Antworten mit LOINC-Cods zu melden. ARS und mio42 bevorzugen SNOMED-CT-Codierung. Auch diese kann in DEMIS-Meldungen genutzt werden (siehe Abschnitt 4.2 SNOMED-CT).

• LaboratoryTest, erregerspezifisch
• Resistence
• ResistenceGene
• AnswerSetResistance-LOINC
  • Die durch LOINC vorgeschlagenen Antwort-Codes für einzelne LOINCs sind mit allen Codes aus diesem ValueSet austauschbar.
• AnswerSetLaboratoryTest-LOINC

4.2. SNOMED-CT

ValueSets mit SNOMED-CT werden für Pathogene einschließlich Typisierungen, Material, Methoden sowie für ordinale Antworten, Toxine und Gene angeboten:

• MaterialSets, erregerspezifische
• AnswerSets, erregerspezifische
• AnswerSetResistance-SNOMED
• AnswerSetLaboratoryTest-SNOMED
  • Die durch Regenstrief/LOINC vorgeschlagenen Antwort-Codes für einzelne LOINC-Terme sind mit allen Codes auch aus diesem ValueSet austauschbar.
• SubstanceSets, erregerspezifische
  
  • Die Sustance ValueSets enthalten Codes, in denen Analyte (spezifische Antigene, Toxine) aufgeführt sind. Eingeführt wurden die ValueSets allein für die Verwendung im DEMIS-Meldeportal. Durch die Umstellung auf allgemeinere LOINC-Codes, können die Analyte auch als Ergebnis auf einen LOINC als observation.value in der Schnittstelle verwendet werden.
• MethodSet
  • Das ValueSet für die Methoden enthält nun SNOMED-CT (qualifier value) Codes, da wir uns der Entscheidung zur Entwicklung des HL7 Europe Laboratory Report auf SNOMED-CT (qualifier values) zu wechseln angeschlossen haben. Da noch nicht alle Methoden als qualifier value vorliegen, ist das Methoden-ValueSet noch nicht bindend.
• ReasonForTesting
  • Die nichtnamentliche Meldung von Sars-CoV-2-Testergebnissen an das RKI nach § 7 Abs. 4 IfSG erfordert die Angabe des Grundes der Testung. Dieser wird über das ValueSet ReasonForTesting mit SNOMED-CT Codes angegeben.
• SnomedInterpretation
  • Für die Interpretation der Laborergebnisse ist eine Codierung sowohl gemäß des Basisprofils von HL7 als auch mit SNOMED-CT möglich. ARS und mio42 bevorzugen SNOMED-CT.

4.3. UCUM

Die Angabe der Einheiten zu quantitativen LOINC-Codes erfolgt mit UCUM.

5. FHIR-Profile und Anwendung der Terminologien

Für die Abbildung der Schritte der mikrobiologischen Diagnostik stehen die folgenden FHIR-Ressourcen zur Verfügung:

• Probe/Profile on Specimen

• Erregernachweis/Profile on Observation

Die ebenfalls erregerspezifische Ressource "Laborbericht" dient lediglich der Zusammenfassung der Ergebnisse, die in der Probe und dem/den Erregernachweis/en beschrieben werden. Wie diese Ressourcen miteinander und mit dem Rest der Meldung zusammenhängen, ist unter Grundlagen und Überblick → Ressourcenmodell illustriert.

5.1. Probe

Der Prozess der mikrobiologischen Diagnostik beginnt mit dem Eingang einer Probe in das Labor. Die Probe wird in der Ressource "Specimen" abgebildet. Hierbei werden ausschließlich Codes von SNOMED-CT verwendet, wobei hier grundsätzlich auf das jeweilige erregerspezifische Material ValueSet zurückgegriffen wird, dass einen Auszug aus dem deutschen SNOMED-CT reference set für Material ist. Die Spezifizierung erregerspezifischer MaterialSets ist darauf zurückzuführen, dass einige Meldepflichten an das verwendete Probenmaterial geknüpft sind und ein Mapping auf die Angaben in der Gesundheitsamtssoftware erfolgen muss. 

In der Ressource "Specimen" lässt sich ergänzend zum Material als "specimen.type" der Abnahmeort "specimen.collection.bodySite" beschreiben, was eine eindeutige Beschreibung von Material und Abnahmeort zulassen wird. Der Abnahmeort wird nun auch von DEMIS profiliert, wir haben hier allerdings noch kein ValueSet vorgegeben und verweisen auf das ValueSet Abnahmeort bei ARS (https://simplifier.net/rki.demis.ars/abnahmeortsnomed)

Die Angabe des Materials als SNOMED-CT in der Ressource "Specimen" wird mit dem strikten laboratory-Paket verpflichtend. Im Sinne der eineindeutigen Abbildung sollte nach Möglichkeit ausschließlich diese Ressource verwendet werden, um widersprüchliche Angaben in der Observation mit einem spezifischen LOINC zu vermeiden.

5.2. Erregernachweis

Die “Observation“ ist die zentrale Ressource zur Abbildung der mikrobiologischen Diagnostik. Hier werden bestimmte Inhalte anhand folgender Variablen abgebildet, auf die wir in den folgenden Absätzen detaillierter eingehen:

• „Observation.code“: Die Frage, die hinter einem diagnostischen Schritt steht.
  
  • Zwingend mittels LOINC-Code aus dem erregerspezifischen LaboratoryTest-ValueSet
• „Observation.value“: Das Ergebnis der Untersuchung bzw. der "gestellten Frage".
  
  • LOINC, SNOMED oder UCUM, abhängig vom verwendeten LOINC-Code. ARS, mio42 und MII bevorzugen SNOMED, für DEMIS können Sie beide Terminologien, LOINC oder SNOMED-CT, verwenden
• „Observation.interpretation“: Die Interpretation des Untersuchungsergebnisses.
  • HL7-Codes, verbindliches SNOMED-InterpretationSet verfügbar. ARS, mio42 und MII bevorzugen SNOMED, für DEMIS können Sie beide Terminologien, HL7-Codes oder SNOMED-CT, verwenden
• „Observation.method“: Die Beschreibung der eingesetzten Methode.
  • Zwingend mittels SNOMED-CT aus dem erregerübergreifenden Methoden-ValueSet.

Ziel ist es, die Unterschiede in den diagnostischen Verfahren, wie bakteriologische Kulturverfahren, serologische Verfahren in der Virologie, Verfahren zur Resistenztestung phänotypisch wie genotypisch etc., abzubilden. Das soll allein durch die Nutzung der Terminologien LOINC, SNOMED-CT und UCUM in der für DEMIS profilierten Ressource „Observation“ geschehen. Die vorgestellten ValueSets sind so gestaltet, dass sie eine eineindeutige Beschreibung der durchgeführten Diagnostik und ihrer Ergebnisse ermöglichen. Für DEMIS ist eine "Observation" für die Abbildung sowohl quantitativer als auch qualitativer Ergebnisse profiliert und kann sowohl für bakteriologische, virologische als auch parasitologische Diagnostik angewendet werden (siehe auch "Abbildung qualitativer und quantitativer Ergebnisse" weiter unten).

5.2.1. Observation.code und Observation.value

Erregersuche und -identifizierung basierend auf kulturellen Verfahren

Für "Observation.code" ist zwinged ein LOINC-Code aus dem erregerspezifischen ValueSet erforderlich, der entsprechend den oben beschriebenen Regeln die Fragestellung, die hinter einem diagnostischen Schritt steht, abbildet.

Eine Säule der bakteriologischen Diagnostik zur Erregeridentifizierung sind die kulturellen Verfahren mit der unspezifischen Fragestellung, ob ein Erreger kulturell nachweisbar ist. Der kulturellen Anreicherung schließen sich weitere Methoden zur Erregeridentifizierung an.

Die LOINC-Terminologie geht von der Vorgehensweise aus, dass ein spezifischer Erreger in einem spezifischen Material mit einer bestimmten Methode nachgewiesen wird. Daher lassen sich kulturelle Nachweise nur sehr schlecht mit einem spezifischen LOINC-Code abbilden. Wir haben uns daher entschieden, für bakteriologische Erregernachweise/-identifizierungen den unspezifischen LOINC-Code "41852-5 Microorganism or agent identified in Specimen" zu verwenden. Somit gilt dieser Code auch für alle diagnostischen Schritte bei denen die Fragestellung ist, ob ein Erreger in einem Material nachweisbar ist und wenn ja, welcher Erreger.

Dieser Code ist für Methoden zu Erregernachweis und -identifizierung wie der kulturellen Anreicherung, massenspektrometrischer Verfahren, erregerspezifische Kulturverfahren in der Bakteriologie und Multiplex-PCRs (für letztere siehe "Molekulare Verfahren zur Erregeridentifizierung") etc. einsetzbar.

Die Antworten auf die Frage, ob ein Erreger nachweisbar ist, lassen sich codiert unter "Observation.value.CodeableConcept" durch Beschreibung des Erregers oder des Resistenzgens geben. Die entsprechenden Answer-ValueSets werden bereitgestellt. Sollte in der kulturellen Anreicherung kein Erreger angewachsen sein, so besteht keine Meldepflicht, eine Abbildung ist nicht notwendig (aber theoretisch möglich).

Phänotypische Resistenztestung

Für die phänotypische Resistenztestung ist die Abbildung aller durchgeführten Resistenztestungen für ein vollständiges Antibiogramm notwendig. Das ValueSet "Resistance" enthält LOINC-Codes, die den Wirkstoff in der "component" abbilden und als "property" [Susceptibility] haben, z.B. "18864-9 Ampicillin [Susceptibility]". Wir haben entschieden, in Zukunft auf LOINC-Codes, die Methoden bzw. die Einheit des Messergebnisses wie die MHK abbilden, zu verzichten, um eine einheitliche Regel im Umgang mit den Terminologien in DEMIS zu haben. Spezifikationen zur Methode werden als SNOMED (procedure) aus dem entsprechenden ValueSet "Method" als "Observation.method" ergänzt.

Eine Ausnahme stellen LOINC-Codes dar, die Empfindlichkeitstestungen von Wirkstoffen abbilden, für die nach EUCAST in Abhängigkeit von der zugrundeliegenden Erkrankung differentielle break-points definiert sind, z.B. "50633-7 Ceftriaxon [Susceptibility] for meningitis".

Die im ValueSet enthaltenen Codes haben die "Scale" [OrdQn] und erlauben damit qualitative wie quantitative Antworten.

Molekulare Verfahren

Molekulare Verfahren werden zur Erregeridentifizierung sowie zur Typisierung von Erregern, für genotypische Resistenztestungen, erregerspezifische Ag- und Ak-Nachweise sowie für Nachweise von Virulenzfaktoren, v.a. Exotoxine, angewandt.

Grundsätzlich sollte entsprechend den formulierten Regeln bei dem spezifischen Nachweis eines Gens ein für den Analyten ("component") spezifischer LOINC verwendet werden.

Unterscheidung:

• Gennachweis spezifisch im Analyten des LOINC, z.B. Nachweis von Diphtherie-Toxin: "24102-6 Corynebacterium toxin [Presence] in Specimen by Immune diffusion (ID)". Die Antwort in "Observation.value" würde "260373001 Detected (qualifier value)" oder "260415000 Not detected (qualifier value)" lauten, oder auch "10828004 Positive (qualifier value" bzw. "260385009 Negative (qualifier value)".  Sowohl LOINC- als SNOMED-CT-Terme sind erlaubt und können den entsprechenden ValueSets entnommen werden.
• Serologische Nachweise sollen mit einem so unspezifisch wie möglichen LOINC-Code gemeldet werden, z.B. "7962-4 Measles virus IgG Ab [Units/volume] in Serum". Die Methode wird z.B. mit  "414464004 Immunoassay method (procedure)" als Observation.method ergänzt. Die Antwort wird hier quantitativ (siehe Abschnitt "Abbildung qualitativer und quantitativer Ergebnisse" weiter unten) gemeldet.
• Arbeiten mit LOINCs, die innerhalb einer Gruppe von Genen oder Toxinen nach dem spezifischen Gen/Toxin über die "property" [Type] oder [identified] bzw. dem "scale Nominal" fragen, z.B. "53946-0 Escherichia coli shiga-like toxin identified in Specimen". Die Antwort in "observation.value" ist ein Code aus SNOMED-CT, z.B. "608774005 Shiga toxin 1 (substance)", aus den erregerspezifischen SubstanceSets. Gene sind als Analytgruppe als SNOMED-CT-Term noch nicht vorhanden. Dies betrifft insbesondere Virulenzfaktoren und z.B. die fünf Carbapenemase-Gruppen (OXA-48-like, KPC, NDM, VIM, IMP). Entsprechende Codes müssen noch bei SNOMED-CT beantragt werden.
• Arbeiten mit dem unspezifischen LOINC im Rahmen der diagnostischen Schritte zur Erregeridentifizierung, z.B. Nachweis von K. pneumoniae : "41852-5 Microorganism or agent identified in Specimen", mit SNOMED-codierten Antworten in "observation.value" für den Erreger: "56415008 Klebsiella pneumoniae (organism)", ergänzt um die Methode in observation.method, z.B. "83581000052107 Matrix assisted laser desorption ionization time of flight mass spectrometry technique (qualifier value)".

Abbildung qualitativer und quantitativer Ergebnisse 

Qualitative Ergebnisse können entsprechend der "scale" des LOINC-Codes "ordinal" oder "nominal" und entsprechend der "property" des LOINC-Codes "PrThr" oder "Prid" abgebildet werden. Diese LOINC-Codes enthalten im der Long Common Name den Begriff [Presence] oder [identified], wie in den Abschnitten zuvor dargestellt.

Quantitative Ergebnisse entstehen bei

• phänotypischen Resistenztestungen in Form der "Minimalen Hemmkonzentration" (MHK) oder dem "Hemmhofdurchmesser"
• molekularen Verfahren in Form des cycle-threshold (CT-Wert)
• in der Serologie in Form von Ratios oder Messwerten.

Bei serologischen Tests mit herstellerabhängigen, unterschiedlichen Referenzwerten sollten diese als "Observation.referenceRange" angegeben werden.

Sollte es bei molekularen Verfahren von Bedeutung sein, den cycle-threshold (CT-Wert) als quantitatives Ergebnis abzubilden, kann das quantitative Ergebnis nicht als "observation.valueQuantity" in Zusammenhang mit einem LOINC-Code mit der "scale Qn" abgebildet werden. 

• Eine Abbildung kann durch eine "observation" mit einem LOINC-Code, der spezifisch nach dem CT-Wert fragt, erfolgen, z.B. "94643-4 SARS-CoV-2 (COVID-19) S gene [Cycle Threshold #] in Specimen by NAA with probe detection" mit einer entsprechenden Menge in "observation.valueQuantity" inklusive der UCUM-Einheit.
  

5.2.2. Observation.interpretation

Die "Observation.interpretation" dient der Beschreibung der Interpretation des Ergebnisses der mikrobiologischen Diagnostik. ARS, mio42 und MII bevorzugen SNOMED, für DEMIS können Sie beide Terminologien, HL7-Codes oder SNOMED-CT, verwenden.

Bei qualitativen Ergebnissen ist die "Observation.interpretation" teilweise eine Dopplung des Ergebnisses als "Observation.valueCodableConcept". Bedeutung erlangt die "Observation.interpretation" insbesondere bei quantitativen Ergebnissen, z.B. im Rahmen der phänotypischen Resistenztestung. Bei Angabe eines quantitativen Wertes mit Einheit ist die Beschreibung der Interpretation des Ergebnisses (z.B. SIR) von Bedeutung.

5.2.3. Oberservation.method

Für die eingesetzte Methode stehen Codes von SNOMED-CT als Valueset "Method" zur Verfügung.